AIDD 增量简报 · 2026-09-29

以 09-28 版为基线的 diff | 检索窗口 2026-09-22 → 09-29 | 中英双语 12 轮
增量 diff 开源算法与平台 国内外趋势 生信岗位可执行
本轮核心判读:「AI 顶到实验上限」第一次有了可引用的数字,而且结论是 打平,不是超越。 同时「AI 更准 ≠ AI 更有用」被两项独立工作同时背书 —— PLABench(结构保真度提升不涨分)与 AIntibody(任务间能力不迁移)。 评测口径正在取代模型架构,成为领域内最稀缺的能力。
① 基准层:谁说了算 AIntibody(Nat Biotechnol) AI 94.7 pM vs 实验 113 pM 三项任务合计:未超越实验方法 擅长一任务 ≠ 迁移到其他任务 PLABench(bioRxiv) 预测构象 → 实验构象:无一致提升 序列方法在部分靶点反超结构方法 聚合指标掩盖模型互补性 VCC / 虚拟细胞(ICML 2026) 只预测平均响应的简单模型胜出 「模型没错,是基准有问题」 分歧已从模型层移到评测层 ② 收敛结论:评测口径(不是模型架构)成为 AIDD 新的稀缺能力 共同要求:前瞻/盲测 · 统一条件 · 联合门槛(含可开发性)· 分层报方差 · 必带朴素/序列基线 ③ 落到 caiPro / 生信岗位的三个可抄件 P0 两级口径 + 可开发性联合门槛 + 湿实验对照 P0 按靶点/家族分层报方差 + 序列方法对照 P1 开源盲测基础设施 → 内部季度盲测制度
图 1:本轮三层判读 —— 三个独立领域(抗体 / 小分子亲和力 / 虚拟细胞)同时把问题定位到「基准怎么建」,而非「模型怎么改」。

一、结论先行(9 条)

#判断依据强度
1 ★ 本轮最硬:全球首个 AI 抗体设计盲测基准 AIntibody 完整结果落地(Nature Biotechnology,DOI 10.1038/s41587-026-03238-6)。冠军(Aureka 的 AuraIDE / 论文中称 AuraBind)拿到 94.7 pM(KinExA),较亲本抗体约 2000×;同一任务里约 3 个月噬菌体展示成熟做出的最好实验抗体是 113 pM —— AI 数值略优,但统计上是打平。独立分析显示三项任务合计,计算方法整体并未超越实验方法,无单一方法主导,擅长一个任务的方法不迁移到另一个。 高 期刊+独立实验室+企业 PR 三源交叉
2 「AI 更准 ≠ AI 更有用」本轮被两项工作同时背书。 ① PLABench(泄漏可控基准,9 个方法,CASP16 盲靶 + 泄漏受控 ChEMBL35 + Davis/KIBA):预训练结构模型整体精度最高但靶点间方差极大;结构输入从预测构象升级为实验构象没有一致提升;序列方法在部分靶点反超;聚合指标掩盖模型互补性。② AIntibody 的「任务间不迁移」。 高 bioRxiv 一手 + 期刊
3 国内第一款 AI 辅助研发的新药获批上市:盐酸伊司特韦片(艾普司韦) —— 西湖大学 / 西湖实验室 / 西湖制药,NMPA 附条件批准,靶点探索到获批 3 年半。⚠️ 口径:「AI 辅助」≠「AI 全流程」,全流程那条线仍是 rentosertib(III 期)。 中高 多家财经媒体一致,建议以 NMPA 公告为准
4 Anthropic × Adaptyv 竞赛第一题已开(09-28):给 EGFR 设计「条件性结合蛋白」 —— 肿瘤微环境酸性 pH 下结合、正常 pH 不结合,且必须同时结合人源与鼠源 EGFR。同时 Anthropic 把 30+ 个生物信息学工具的优化代码全部开源(FlashPairformer、低显存模式),官方称平均 4× 提速、单 GPU 可折叠 >10,000 token。⚠️ P0 条款 Section 3.1 禁赛名单明确含 China,Track 3 是唯一通道。 高 官方公告 + 多源一致
5 AnewDDE 预印本给出字节系平台的第一个可核对数字。 AnewDesign 在一次纳米抗体 campaigns 中取得 10.7% 的单数字纳摩尔(SPR 实测)命中率;AnewAffinity 自称精度接近 FEP 但保留高通量速度;AnewMind 是千亿参数级自研基座、全参数后训练,配内部基准 PharmBench。⚠️ 许可为 CC-BY-NC 4.0(非 OSI 开源),且「10.7%」分母未公开。 中 企业自述预印本
6 OpenADMET 本轮出的是「制度基础设施」,不是模型。 09-25 发布 CYP 挑战中期排行榜 + 新增 Structure Track;技术侧最实用:CheMeleon 嵌入 + 初筛预测 → tabular foundation model,MAE 0.50 → 0.43,已成为 openadmet-models 一等公民流程;开源了「盲测竞赛基础设施模板」(宣称一个下午可起一个分子预测竞赛)。 高 官方博客一手
7 核酸侧国内 AGT-siRNA 赛道正式进入竞争期。 ① 石药 SYH-2062(双链 siRNA,高血压)获 NMPA 临床批准;② 阳光诺和 ABA001(AGT siRNA + GalNAc)I 期,09-21 与江苏万高药业签约,万高投入 5000 万元换境内独家商业化权益;③ 阳光诺和定增拟投 约 1.9 亿元建核酸药物发现与中试平台(靶点筛选→序列设计→化学修饰优化→候选筛选→工艺放大→注册)。国际参照 Zilebesiran 已进 III 期、单次给药约 24 周。 高 BioWorld + 公司公告
8 监管双线推进。 ① FDA 09-21 直接最终规则:法规文本中「动物试验」替换为「非临床研究」,类器官 / 器官芯片 / 人源细胞 / 计算模型经验证后可用于临床前安全性评价;② 安徽(09-23)、湖北(09-26) 省级「AI+药品监管」方案,均提建监管数据空间 + 垂类大模型 + 智能体、「人工智能+人工复核/全程留痕」;③ 国家药监局《处方药网络零售合规指南》严禁 AI 代替人工审方。 高 FDA 官网 + 省级文件
9 本周最值得记住的一个数字:现有最强结构预测算法在「镜像(D-型)」属性上的错误率 >50%。 GOAI 世界人工智能开源大赛全场大奖(100 万元)授予 MirrorPeptidizer(De Novo 镜像多肽设计算法)(ExpLoop Lab,核心成员王哲为华东医药资深研究员):构造靶蛋白镜像 → 在镜像空间设计多肽 → 整体翻转回天然空间,已通过湿实验验证分子起点,代码全部开源。天然多肽在模拟肠液中数秒被代谢,镜像后 24 h 仍接近 100% 稳定。 中高 政府/官媒多源一致

二、上版追踪项回执

#追踪项状态本轮结果
1Anthropic × Adaptyv Track 3 + Proteinbase 12-15✅ 重大回执 Challenge 1 于 09-28 开题:EGFR 条件性结合(酸性 pH 结合 / 生理 pH 不结合 + 人鼠交叉)。新增:Anthropic 开源 30+ 生物工具优化代码,平均 4× 提速、单 GPU >10,000 token;Claude Opus 5.5 于 09-22 发布沿用 Fable 5.1 生物学护栏;LSVP 分 Standard / High-risk 两级 grant(30 天流量留存、分区隔离、不用于训练)
2RIBOSPAN-10K arXiv 原文与权重⚠️ 部分 训练细节确认:6,760 万条序列 / 857 亿核苷酸 token(RNAcentral + Ensembl);按 RNA 类别配额抽样做验证/测试集;15% → 40% 掩码两阶段 MLM;注意力隔离的序列打包。⚠️ 仍为二手中文源,arXiv 原文与权重可得性未直接核实
3十五五「可信数据空间」配套落地文件⚠️ 部分 截至 2026-06 全国 36 个可信数据空间试点上线,医疗健康等五行业占比 >40%;广州近 50 家机构、22 个数据产品、39 个专病数据集,临床试验入组周期缩短 20%+;国家数据局 2026-06-03《关于推进行业高质量数据集建设行动的实施方案》;09-18 张江科学大数据创新实验室首批数据产品(Dia Insight「观象·灵枢」+ PDCorpus「河洛·兰台」),接入浦东公共健康医疗数据近 40 亿条、对接 220+ 机构
4VCC 2026 公开榜 10-22⏳ 未到期无新增数字。基线仍是 09-13 榜首 0.2629
5Bepirovirsen FDA PDUFA 10-26⏳ 未到期本轮未检索,顺延
6BoltzProt-1 预印本正式版 + 第三方复现❌ 仍无(2 轮)建议降级为长期未回执
7Ginkgo × OpenAI coopetition 10 月中旬⏳ 未到期本轮未检索,顺延
8前沿生物 FB7011/7023/7033 首个 IND❌ 未检索顺延(诚实标注:本轮检索资源投向抗体基准与监管两条线)
9时安生物 SA1211 Phase 1b 数据❌ 未检索顺延
10ICH S13❌ 未检索顺延
回执率
✅ 重大回执 1 · ⚠️ 部分回执 2 · ⏳ 未到期 2 · ❌ 未回执/未检索 5(其中 3 项为本轮主动放弃检索,已诚实标注,非「查了没有」)。
规律再验证(第七轮)+ 一个流程改进建议
继续成立:只给带硬日期的承诺留追踪位。本轮唯一的重大回执来自有行政日期锚点的事件(竞赛开题日 09-28);两项部分回执都来自有明确发布日的官方文件。

新增建议:BoltzProt-1(2 轮为 0)、RetroChimera(4 轮为 0)、siProGenA(3 轮为 0)、Anthropic 36 套件(8 轮为 0)、TorchX 70.1%(6 轮为 0)—— 「第三方复现」类追踪项整体命中率极低,建议合并为一个「第三方复现观察池」,每季度查一次,不再按项目逐条占位。

三、本轮新增硬事实

3.1★ AIntibody:AI 抗体的「CASP 时刻」,但结论是打平

维度数字 / 事实
载体Nature Biotechnology(2026-08-26 完整结果),Erasmus et al.,DOI 10.1038/s41587-026-03238-6;A blinded, prospective benchmark of in silico antibody discovery anchored to experimental affinity and developability
组织者Andrew Bradbury、Frank Erasmus(Specifica,IQVIA 旗下);赛制设计 2024 年已先发 Nat Biotechnol 论文
靶点SARS-CoV-2 Spike RBD(公开数据最丰富的蛋白之一 —— 越「被训练过」越难靠记忆取胜)
三项任务Challenge 1 计算机亲和力成熟(只给亲本抗体第一阶段成熟 NGS 数据,HCDR1/2、LCDR1/2/3 分别建库筛选,HCDR3 与框架固定;第二轮数据完全扣留)· Challenge 2 按亲和力排序 · Challenge 3 设计新 CDR 组合
规模29 家机构 / 511 个设计(企业口径);另一口径 166 名参与者 / 527 份提交(UTHealth 口径)→ 引用建议写「约 30 家机构、500+ 设计」
规则每队每题 14 天,Challenge 1 ≤10 条序列;统一表达为全长 IgG;先 SPR 初筛,高亲和力者用单点 + 标准 KinExA 复核;全程盲测
可开发性五项联合门槛HIC(疏水性)/ BVP(多反应性)/ AC-SINS(自相互作用)/ Tm(热稳定性)/ Tagg(聚集倾向)—— 不满足复合阈值者不计入「可开发」
冠军Aureka Biotechnologies 的 AuraIDE(论文中称 AuraBind):94.7 pM(KinExA),较亲本约 2000×;前五名占第一、第二、第五;另 6 个 <10 nM 且满足可开发性
★ 与湿实验正面对照同一任务里常规实验室方法(约 3 个月噬菌体展示成熟)做出的最好抗体是 113 pM → AI 的 94.7 pM 数值略优,统计上是打平
★ 整体结论三项任务合计,计算方法并未整体超越实验方法;团队间、任务间差异大;无单一方法主导;在一个任务上强的方法不迁移到其他任务
方法结构感知 pairformer + DPO 在适应度景观上导航;基座训练自蛋白共进化数据;Aureka 同时维护开源模型 OpenDDE
其他入榜UTHealth Houston 的 Novamab AI 进前五(sequence-space track,58 份提交):用实验偏好数据微调蛋白语言模型,而非只用理论序列打分
更冷的背景数字FLAb2 数据集独立分析:AI 模型与 约 80% 的可开发性属性不相关;扣掉「复述训练集已有抗体」后,约 40% 的表观预测力消失
临床侧现实Generate Biomedicines GB-0895(重度哮喘)已 III 期,两项全球试验约 1,600 名患者;Absci ABS-101/201 在 I/2a;尚无 AI 设计抗体获 FDA 批准;AI 发现药物 I 期 80–90%、II 期回落 ~40%(≈ 行业基线)
判读
这是抗体领域的 CASP,但它给出的不是「AI 赢了」,而是 「AI 已经顶到三个月湿实验的水平,且只在特定任务形态(用真实 NGS 数据做亲和力成熟)上做到」。任何把「单任务冠军」包装成「方法全面超越实验」的说法,从今天起可以用这篇直接反驳。

3.2PLABench:换更准的结构,不必然提升亲和力预测

3.3开源模型与平台(本轮 11 项)

名称主体 / 载体关键数字许可 / 可得性对生信岗位的意义
AnewDDEAnew Labs(字节系)
bioRxiv 09-20
DOI 10.64898/2026.09.20.752967
四模块:AnewFold(抗体-抗原、分子胶,含口袋识别与构象分析)/ AnewDesign(一次纳米抗体 campaigns 10.7% 拿到 SPR 单数字 nM)/ AnewAffinity(精度接近 FEP、速度满足高通量)/ AnewMind(千亿参数级 LLM,全参数后训练,科学推理 + ADMET)+ 内部基准 PharmBench CC-BY-NC 4.0(非 OSI 开源);预印本,权重未见公开 ⚠️ P1 数字可读、分母不可核:单 campaigns、未报总设计数、无对照。可作「企业自述上限」参考
REAL-SWIT西湖大学 JingHuangLab
bioRxiv 09-17
DOI 10.64898/2026.09.17.752345
生成式超大规模虚拟筛选:把 Enamine REAL Space 学成「可合成分子分布」再与靶标打分模型耦合;约 96% 生成分子确实存在于 REAL Space;ROCK1 湿实验:合成 23 个,得 6 个生化抑制剂,最优 RX-3 IC50 0.17 μM github.com/JingHuangLab/REAL-SWIT 「23 合 6」又一张命中率分母表,且明确优于片段级优先化
SynCraftnature.com 2026-09-22 把「可合成性优化」重构成原子级编辑序列预测而非 SMILES 生成,规避 LLM 句法脆弱性;定位 synthesis cliff;打包为 agent skill,在 SARS-CoV-2 主蛋白酶候选上做端到端 rescue 演示 MIT,GitHub + Zenodo;Figshare 放出测试集、3,332 对 synthesis-cliff 训练语料(含推理轨迹)、多 LLM 输出、PLIP 保留表 ⚠️ P1 公开摘要只说「超越 SOTA」,无数值、未命名可合成性指标、无湿实验。语料与代码值得拿,结论先别引
Boltz-1 靶向微调(构象态)bioRxiv 09-21
DOI 10.64898/2026.09.21.752570
用某药物研发项目的 10 个未见 X 射线结构(WRN 解旋酶)微调 Boltz-1,让它学会别构口袋 + 把酶锁在失活态的大构象变化,同时保留 ATP 结合态精度;可泛化到不同化学系列,并按结合位点序列依赖方式迁移到 RecQ 家族 方法学(蓝图性质) ★ 对内部项目最有参考价值:共折叠模型「学不会新构象」是训练数据偏置而非架构限制,可靠少量自有结构定向微调解决 —— 这正是「内部数据增量回路」在结构侧的同类操作
Albatross含 Harvard Medical School(Silvi Rouskin 指导) RNA 语言模型,纯序列训练预测 IRES 结构;收集 96 个全长 IRES 的 in cellulo 化学探测数据,精度 0.80 vs 现有最佳 0.47;分析 75,000 个 IRES 结构发现新 Type II 亚类并实验验证;自发学会核糖开关替代构象与三级 loop-loop 接触 作者声明无利益冲突 「没教热力学却学出物理」需警惕地读:emergent 还是数据记忆,有待独立验证
RIBOSPAN(细节补齐)— 6,760 万序列 / 857 亿核苷酸 token(RNAcentral + Ensembl);15% → 40% 两阶段 MLM;注意力隔离序列打包;16.1 亿参数 / 10,240 nt 上下文 ⚠️ 二手源,权重待核见 §2 #2
RNA 二级结构可微分提取(SDSM)arXiv 2609.30752
(09-25)
系统比较四种结构提取算法(Nussinov 类 DP、最大权图匹配、SPOT-RNA / RiNALMo 贪心);提出对称双随机矩阵(SDSM)归一化,可微、可内联进训练,直接输出碱基配对概率矩阵;四个提取算法下均优于 BCE 基线 方法学 做 RNA 结构预测时,「训练目标与提取方法是否一致」是长期被忽略的误差源
Cerebra清华 Gonglab
github.com/Gonglab-THU/Cerebra
Path Synthesis Attention(PSA):并行预测多组原子坐标并互相补充;训练与推理均显著加速;CAMEO 2025 上以有限 GPU 训练达到与充分训练 OpenFold 可比精度;快速推理可辅助 hallucination-based de novo 骨架设计 GitHub 开源;NSFC 32171243/32671644;科技部 2023YFF1204400 算力受限时的国产替代路线,且明确支持 de novo 设计
SurfGraphPro含 Los Alamos National Laboratory
bioRxiv DOI 10.64898/2026.09.17.751511(v2)
把蛋白语言模型嵌入接到粗粒化三角网格表面(溶剂排除表面下采样为残基中心 patch);省掉 MSA 与手工理化特征;相对现有表面类 SOTA 加速约 18–28×,精度相当,含抗体-抗原界面 ⚠️ LANL 已就该法申请专利 结合位点预测要快这条最实用;但专利状态意味着商用需谨慎
MirrorPeptidizerExpLoop Lab(王哲,华东医药资深研究员;傅芳田)
GOAI 全场大奖 09-23 + 100 万元
镜像多肽 de novo 设计:构造靶蛋白镜像 → 镜像空间设计多肽 → 整体翻转回天然空间,难点是全程保持靶蛋白结构不变;已通过湿实验验证分子起点;天然多肽模拟肠液中数秒被代谢,镜像后 24 h 仍接近 100% 稳定 代码全部开源 ★ 「现有最强结构预测算法在镜像属性上错误率 >50%」 —— 说明主流结构模型的适用范围有明确边界
OpenADMET 盲测竞赛基础设施模板OpenADMET(Fraser / Kosuri / Chodera / Walters 等) 开源「production-ready」盲测竞赛基础设施模板,宣称一个下午即可起一个分子预测竞赛;配合 CYP 挑战中期排行榜(09-25)+ 新增 Structure Track;CheMeleon 嵌入 + 初筛预测 → tabular foundation model,MAE 0.50 → 0.43 开源 内部想建「季度盲测」制度,这基本是现成脚手架

3.4「命中率分母」第三轮:本轮的四张新漏斗

来源漏斗读数
AIntibody(Challenge 1)511 个 AI 设计抗体 → 统一表达全长 IgG → SPR 初筛 → KinExA 复核 → 五项可开发性联合门槛冠军 94.7 pM;6 个 <10 nM 且全部满足可开发性;对照(3 个月湿实验)113 pM
REAL-SWIT(ROCK1)生成式探索 REAL Space → 打分排序 → 合成 23 个6 个生化抑制剂(26%),最优 IC50 0.17 μM
AnewDesign(纳米抗体)一次 campaigns → SPR 实测10.7% 达单数字 nM(⚠️ 分母未公开)
Enveda(上版,对照用)17 个开发候选 → 3 个进临床 → 2 个 2026 阳性早期读数17 → 3 → 2
规律(第三轮)
凡是敢报「分母」的工作,最终确认率都落在 6%–26% 区间;凡是不报分母的工作,口径都是「成功率提升 X%」。 以后看到只有分子没有分母的 AIDD 宣传,先按这个区间打折。

3.5产业与资本(09-22 → 09-29)

Biossil(多伦多)
1.53 亿美元
估值 10 亿美元(09-28);OpenAI Startup Fund 领投。模式:收购/授权被搁置临床资产,用 AI 判断哪些值得重启
Basecamp Research
1.4 亿美元 C 轮
投后 8 亿;NVIDIA、Anthropic Anthology Fund、NATO 创新基金、洛克菲勒基金会参投;尚无临床项目
Daewoong(韩国)
53 亿韩元
政府项目至 2029-12:AI 制剂设计平台 —— AI 从药物发现外溢到制剂与 CMC,含 GMP 中试验证
英矽智能 H1
1.063 亿美元
+287.2%,毛利率 90.3%;累计潜在交易额约 110 亿美元(年内 73 亿,占中国 BD 约 7%)
事件要点
Endpoints 11(2026 年度)11 家中 3 家与 AI 直接相关:Anew Labs(AI 制药,字节拆分)、Medra(AI 自主实验室,斯坦福华人创业 Michelle Lee)、Vivodyne(AI 类器官)。华人团队占比高:Anew Labs、K2 Therapeutics(前传奇生物 CEO 黄颖)、Kali Therapeutics(前和铂医药 CBO 徐伟豪)
Nutshell TherapeuticsNTS231 获 FDA IND 批准 —— AI 发现的 NRF2 降解剂进临床
盐酸伊司特韦片(艾普司韦)NMPA 附条件批准上市;西湖大学 / 西湖实验室 / 西湖制药;靶点探索到获批 3 年半;诺奖得主莱维特称「AI 制药发展远超预期」
英矽智能管线33 个 PCC / 13 个 IND / 10 个在临床(另一口径:8 个已授权、6 个进 I 期);rentosertib 中国 III 期 320 人 09-09 首例给药(北京协和、上海市肺科医院),2029 读顶线,试验+CMC 约 2 亿人民币;⚠️ 美国 II 期因招募缓慢终止,非临床问题
晶泰科技 / 金斯瑞晶泰 H1 药物发现业务 +40%,与全球 Top20 药企中 15 家合作;金斯瑞投 23 亿港元扩建 AI 制药基础设施
德睿智药MDR-001 进 III 期,IIb 期 24 周最高减重 10.3%
AI 临床管线(新口径)动脉网 09-14 据 ASCO 2026/JCO:63 家企业 / 117 条管线;60 条完成 I 期,8 条完成 II 期,3 条进 III 期。⚠️ 与 179/9、173/15 并列,见 §4⑥

3.6Anthropic × Adaptyv:第一题内容 + 工具开源

P0 条款级确认(与上版一致)
竞赛条款 Section 3.1 的禁赛地区名单明确包含 China(另有 Belarus、Cuba、Iran、Myanmar、North Korea、Russia、Sudan、Syria、Crimea 等)。首页写「Open to everyone and free to enter」,条款排除中国居民/实体。
→ Track 3(完全开放赛道)是国内唯一可参与通道,且 12-15 的 Proteinbase 数据是所有人都能拿的资产。
对照组:Geodesic Intelligence(顾全全 09-10 官宣)的 Grand Challenges 征题不问国籍身份,100 万美元奖励「提出最重要的问题」。

3.7政策与监管:给「非动物方法」开制度口子

国际

国内

国产算力(华为全联接 2026 开源论坛,09-18)

3.8虚拟细胞:争论从「能不能做」变成「基准是不是错的」

判读
虚拟细胞领域的分歧已经不在模型层,而在「什么算一个好预测」。这与 PLABench、AIntibody 是同一个病:评测口径正在取代模型架构,成为领域内最稀缺的能力。

3.9岗位信号(本轮 4 条 JD)

岗位地点 / 薪资 / 时间关键要求原文
AIDD 岗位上海 50–80k
3–10 年,09-18
深度学习/机器学习(GAN/GNN/Transformer)预测小分子活性、ADMET、蛋白-配体互作;明确要求「提出可验证的科学假设」并指导实验设计与迭代;加分项含 Docker/Linux/GPU 服务器管理、把模型部署为 web/内网平台、LLM 与分子生成经验
AIDD 工程师杭州钱塘 25–40k
1–3 年硕士,09-22(德睿智药)
搭建抗体开发 AI 模型,聚焦亲和力优化、可开发性预测;「联动实验团队推动验证与优化」;优先:NLP、Diffusion Models、AlphaFold3、MD
AIDD 算法工程师北京海淀 30–60k×14薪
09-15(元思生肽)
8 条职责:① de novo 设计 ② 结构预测(AF2/3、Boltz、RoseTTAFold)③ CADD 与物理评价 ④ 生成式与预测建模 ⑤ Agentic AI 与工作流编排 ⑥ 多目标优化 ⑦ 整合 SPR/BLI/NGS 建立 DMTL 与主动学习闭环 ⑧ 可复现 GPU/集群流程
AI 驱动设计算法工程师厦门 15–20k×13薪
(安费诺,非制药)
端到端「3D 生成 → 物理仿真验证」闭环自动化;生成式拓扑优化;AI for CAD/CAE —— 说明「生成+仿真闭环」方法论正在外溢到制药之外的工程领域
共性统计(第十轮)
干湿闭环 / 实验联动 4/4(连续第十轮 100%) · 结构预测 3/4 · Agentic AI / 工作流编排 1/4(上轮首次进主职责,本轮维持)· 主动学习 / 数据回流 2/4 · 核酸 0/4(样本偏小,不做趋势判断)。
新增观察:「把模型部署为可交付平台(web / 内网 / 集群流程)」从加分项变成高频要求 —— 交付形态正在被计价。

四、口径冲突与失真源

#冲突处理
①AIntibody 参赛规模两个口径:29 家机构 / 511 个设计(Aureka PR)vs 166 名参与者 / 527 份提交(UTHealth / phys.org)引用写「约 30 家机构、500+ 设计」,不要精确到个位数
②TorchX「抗体设计成功率 34% → 70%」(今日头条二手源)与上版 FoldBench-AB 70.1% 混淆不采用前者。官方口径仍是结构预测指标(FoldBench 34.0% → 70.1%)
③aidrugsearch.com 连续第 4 轮命中失真源(「40% IND 含模型可信度报告」「AI 相关信息请求减 40%」等无法定位的精确数字)一律不采用,后续检索显式排除该站
④机器之心 ScienceDiscovery 在 BiomniBench-DA 得 77.4「业界 SOTA」来源为 live-blog 内容注入站点;且 BiomniBench-DA 官方只公开 100 个任务中的 50 个、无排行榜 → 不作为事实采用,仅作「打榜声明不可核实」案例
⑤Rentosertib 首例给药日期:09-09 vs 09-10(协和/肺科医院口径)写「09-09 至 09-10」;顶线 2029 无争议
⑥AI 临床管线第 5 个口径:动脉网(63 家 / 117 条,60 完成 I、8 完成 II、3 进 III)vs 179/9 vs 173/15继续不收敛(第 4 轮)。建议固定引用「I 期 80–90%、II 期回落至 ~40%(≈ 历史基线)」这组比率而非绝对数
⑦「国内首款 AI 辅助研发新药获批」⚠️ 严格区分「AI 辅助」与「AI 全流程」:伊司特韦片是前者;rentosertib 是后者且仍在 III 期。任何把两者混用的表述都是错的
新增失真规律(第七轮)
本轮首次出现「境外无关域名注入中文 AI 新闻」的形态(guinnessworldrecords.com、marcinkossakowski.com 等域名下挂中文 live-blog 内容)。特征:域名与内容完全无关、内容却是通顺的中文科技报道。这类站点的内容可能为真(如 BindCraft2 09-22 开源就被独立源印证),但不可直接引用,必须回到原站核实。

五、对 chen 的 6 条可执行动作

优先级动作依据成本
P0 把 caiPro 评测口径从「排序好不好」升级为「锚定实验读数 + 可开发性联合门槛」。 照抄 AIntibody 三件套:① 盲测/前瞻(提交时看不到答案);② 统一表达与统一测定条件;③ 联合门槛而非单指标 —— 抗体侧是 HIC/BVP/AC-SINS/Tm/Tagg,siRNA 侧可映射为:合成纯度、脱靶谱、免疫刺激(TLR/IFN)、血清/溶酶体稳定性、化学修饰可行性。只满足「效力」一项的不计入成功。同时必须设「3 个月湿实验路线」作为对照,而不是只跟历史数据比。 AIntibody:AI 94.7 pM vs 实验 113 pM = 打平;FLAb2:AI 与 ~80% 可开发性属性不相关 主要在整理历史数据 + 定义门槛,不需重训
P0 按 PLABench 结论改造评测报告方式:① 按靶点 / 基因家族分层报,并报方差,不再只报聚合 AUROC;② 必带「序列方法」对照;③ 验证一次「更准的结构输入是否真的提升打分」 —— 如果不涨,就别再往结构侧投资源。 PLABench:结构保真度提升不带来一致提升;靶点间方差极大;聚合指标掩盖互补性 1–2 人日
P0 确认 Anthropic × Adaptyv Track 3 的提交窗口与格式,日历锁定 12-15 Proteinbase 数据发布。 Challenge 1 的题型(pH 条件性结合 + 物种交叉)与 siRNA 的「只在靶细胞内起效、脱靶最小化」是同构问题 —— 拿它的题目格式改写内部评测题,直接可复用。 §3.6 <0.5 人日
P1 肝靶向 siRNA 的靶点选择要避开已拥挤赛道。 国内 AGT-siRNA 已三足(石药 SYH-2062 获批临床、阳光诺和 ABA001 I 期并引入 5000 万产业资金、国际 Zilebesiran III 期)。同时盯阳光诺和拟投 1.9 亿建「靶点筛选→序列设计→化学修饰优化→候选筛选→工艺放大」全链条平台 —— 建成后会释放一批对口岗位。 §3.5 / §3.7 情报动作
P1 用 OpenADMET 的开源盲测基础设施模板,在内部搭「季度盲测」制度。 配套可抄其技术结论:把「外部基础模型嵌入 + 初筛预测」喂给 tabular foundation model,PXR 上 MAE 0.50 → 0.43 —— 对「样本少(7295 阳 / 1120 阴)+ 有外部 RNA 基础模型」的场景高度对位。 §3.3 2–3 人日搭骨架
P2 数据治理 SOP 对标省级监管口径:安徽要求「训练数据建台账、记录来源、脱敏脱密、授权使用」,湖北要求「数智赋能 + 人工复核 + 全程留痕」,可直接写进内部 SOP。另注意国家药监局明确禁止 AI 代替人工审方 —— 任何「AI 自动出结论」的产品化都要留人工确认环节。 §3.7 文档工作
本周最值得记住的三个数字
94.7 pM vs 113 pM(打平) | 镜像属性错误率 >50% | MAE 0.50 → 0.43

六、下轮执行建议(10 项)

  1. Anthropic × Adaptyv Challenge 2(10-05 前后)题目 + Track 3 提交格式确认;Proteinbase 12-15 数据发布倒计时。
  2. VCC 2026:10-22 终测发布 → 11-05 提交截止 —— 核心看点:榜首能否显著高出 0.2629。
  3. Bepirovirsen FDA PDUFA 10-26(⚠️ 16% grade 3+ AE vs 3%)。
  4. AIntibody 后续:Challenge 2 / 3 完整排名与「任务间不迁移」的定量证据;Aureka 开源模型 OpenDDE 是否真的可用。
  5. PLABench 代码可用性 + 是否可扩展到核酸-蛋白 / 蛋白-蛋白 —— 若可扩展,直接作为 caiPro 评测骨架。
  6. 前沿生物 FB7011/FB7023/FB7033 首个 IND + FB7013 I 期数据(顺延第 2 轮)。
  7. 时安生物 SA1211 Phase 1b 首个数据(顺延第 2 轮)。
  8. ICH S13 是否进 Step 2/3(顺延第 2 轮)。
  9. 十五五「可信数据空间」医药行业具体落地文件 + 北京 1 亿元算力计划首批名单(北京名单连续 2 轮未检索到)。
  10. Ginkgo × OpenAI coopetition 10 月中旬开赛(sfGFP 首轮)(顺延)。
降级为「长期未回执」(不再每轮占位)
BoltzProt-1 第三方复现(2 轮为 0)· RetroChimera 湿实验复现(4 轮为 0)· siProGenA 仓库(3 轮为 0)· Anthropic 36 套件复现(8 轮为 0)· TorchX 70.1% 第三方复现(6 轮为 0)。
→ 合并为「第三方复现观察池」,每季度统一查一次。

新增观察位:盐酸伊司特韦片 NMPA 公告原文与适应症(核实「AI 辅助」的具体环节)· SynCraft 是否给出数值与湿实验 · MirrorPeptidizer 仓库地址与许可 · RIBOSPAN 权重可得性。