AIDD 增量简报 · 2026-09-22

以 09-21 版为基线的 diff。回执上版 14 个追踪项 → 补本轮新增硬事实 → 落到生信岗位可执行动作。
检索窗口 2026-09-15 → 09-22(中英双语,8 轮)。
开源基础设施bioqAdaptiveFlowTorchX 落地Bepirovirsen 日本获批NRDD 降温BixBench3siProGenA / FENNEC十五五原文

一、结论先行(8 条)

#判断依据强度
1开源侧的胜负手已从"模型"转到"管线整合层"。 本轮两个新开源都不是新模型,而是把几十个模型串起来:bioq(MIT,38+ 容器化工具 / 7 阶段 / 6 模态,笔记本即可调,无 CUDA 无云配置)与 AdaptiveFlow(Nat Biotechnol,690 亿化合物库 + 18 维属性网格,成本 1/1000)。对个人和小团队,这类"执行底座"比再出一个 SOTA 模型更有实际价值。高(一手论文/仓库)
2TorchX 悬案解决:真开源、真 MIT、真给了训练数据。 代码 github.com/Mingchenchen/TorchX/tree/TorchX-npu,权重与训练数据在 HF(TorchX-CPL/TorchFold),在线服务 torchfold.openi.org.cn。FoldBench 34.0% → 70.1%。唯一未落地的是第三方复现 70.1%。高(多官方源)
3Bepirovirsen 破冰:2026-08-24 日本获批,全球首个以"功能性治愈"为适应症的慢乙肝药。 连追四轮的悬案终于动了。FDA PDUFA 仍 10-26;中国 2026-03 受理 + 优先审评,预计 2027。对 ASO/siRNA 是监管路径被打通的信号,不只是单品利好。高(多源互证)
42026-08 三篇重量级评述形成一致"降温"共识(Bender 等 16 人 NRDD、Derek Lowe Science、Daphne Koller a16z):AI 临床相关影响 "disappointingly limited",是 absence of evidence 而非 evidence of absence。最扎心一句:"我们只在数据丰富且易搜索的地方找,而不是在可能找到答案的地方找。"高(期刊一手)
5智能体在生信全流程上的能力被量化打脸:BixBench3 上 13 个前沿模型最高(GPT-5.6 Sol)平均只有 0.48。 从原始数据跑到可发表结果,最强模型也只能稳定复现约一半严格阈值产物。短期别把"全自动生信分析"当可交付能力卖。高(评测一手)
6资本与政策双共振落在"卖水人"上。 金斯瑞 09-11 配售 23.27 亿港元、约 70%(16.29 亿)明确投向 AIDD 平台产能与自动化高通量湿实验室;十五五规划(工信部联规〔2026〕210 号)专栏 2 已把 siRNA/ASO 寡核苷酸写进重点创新产品。湿实验通量是当前决速步骤,已是产业共识。高(公告/政策原文)
7siRNA 计算设计两个新方法,都与 caiPro 直接相关:siProGenA(西湖大学,D3PM 提议 + BFN 引导,Hit@1 0.790 / Hit@5 0.903,保留 seed 与切割位点的变体在 89.8% 测定位点优于经典完全互补);FENNEC(Helmholtz + Roche,化学修饰 siRNA,42 篇专利 OCR 出迄今最大公开修饰数据集)。高(预印本一手)
8口径冲突本轮新增两处:① Anthropic binder 有效率 22–35%(券商)vs 26.8%(独立验证);② AI 临床管线 179 条 / 9 个 III 期(丁香园)vs 173 个 / I 94 / II 56 / III 15(券商)。另有 7.87 亿美元融资归属在 Earendil 与华深智药之间打架。高(负面证据)

二、上版 14 问 · 核查回执

#上版追踪项状态本轮结果
1VCC 终测 10-22 / 11-05部分解决拿到参赛方一手复盘:公榜截至 10-22,随后下发 3 条终测细胞系,提交截止 11-05,官方排名只看终测。As of 09-13:933 队,榜首 0.2629,第 106 名 0.1511(0 = 全预测均值,1 = 重跑实验)。全场离 1 都很远,与去年"多数模型打不过简单线性基线"结论一致。仍未出终测结果。
2Bepirovirsen FDA 10-26★ 有进展2026-08-24 日本率先获批(全球首个"功能性治愈"适应症慢乙肝药)。FDA PDUFA 仍 10-26;欧盟审评中;中国 2026-03 受理 + 优先审评,正大天晴独家商业化,预计 2027。
3Anthropic 36 套件独立复现未变(第 4 轮 0)仍 0 篇。新增数字:15 个可评估靶点命中 14 个,独立验证有效率 26.8%(另一口径 22–35%)。若 10 月底仍 0,按规则降级为工程参考。
4TorchX 许可 + 70.1% 复现★ 解决 90%代码 github.com/Mingchenchen/TorchX/tree/TorchX-npu + GitCode 镜像;MIT 确认;训练数据一并开放;HF TorchX-CPL/TorchFold;在线 torchfold.openi.org.cn;主页 torchx-cpl.github.io。蒸馏曲线:5.0k→34.0%、22.9k→65.9%、24.5k→70.1%。未解决:70.1% 第三方复现。
5Proto 可安装性未变本轮未检。下轮起若仍无一手,移出追踪。
6MHS 是否转开源未变仍 research preview。
7Cell《Fifteen challenges》未变本轮未检。
8AIntibody 第二届未变无更新。
9AISB 正式论文第 5 轮 0按上版规则已降为"仅作失真监测"。
10十五五专栏 6 细则★ 解决拿到规划原文:工信部联规〔2026〕210 号,十部门,成文 08-28、发布 09-18。专栏 6 五项全文已取。新发现:专栏 2 把 siRNA/ASO 寡核苷酸、PROTAC/分子胶、AOC 全部列入重点创新产品。
11Arrowhead / 国内双靶 siRNA部分ARO-DIMER-PA 官方 IR 数字再确认。新增国内第三条双靶管线:前沿生物 FB7011(MASP-2/CFB)已获中国临床批件。INHBE / MAPT / SA1211 / MWX205 无更新。
12ICH S13 进展未变无一手更新。
13O3DC Caveat 修订未变本轮未检。
14阶跃 Step 5 权重 10-15未变未到时间窗。
统计:解决 2 · 部分解决 3 · 未变 9。 规律(连续第五轮同构):凡「计划开源 / 论文待投 / 模型不公开 / 厂商自评」→ 回执几乎 100% 为「没有」。唯二例外是 TorchX 与 Bepirovirsen —— 共同点是都有明确的法定/行政时间锚点(发布会日期、PDUFA 日期)。建议:只给带硬日期的承诺留追踪位。

三、本轮新增硬事实

A. 开源基础设施(本轮最大增量)

A1. bioq —— 面向 AI 药物发现的"智能体原生"统一 CLI(MIT,2026-09-08)

定位把 38+ 个容器化药物发现工具统一到一个自描述 CLI,笔记本即可调用,无需本地模型代码、CUDA 或云配置
覆盖7 个发现阶段(结构预测 / 从头设计 / 对接 / 亲和力 / ADMET 等)× 6 类分子模态
架构bioq(客户端,Python ≥3.10,唯一运行时依赖 httpx)+ bioq-services(AC 控制面网关 + 服务舰队),运行于按作业计费的无服务器 GPU
仓库github.com/wolfsonliu/bioq、github.com/wolfsonliu/bioq-services
许可MIT,可自托管(附本地部署脚本 + 阿里云函数计算脚本)
意义解决的是"每家工具一套互不兼容的 GPU 软件栈"这个真实工程痛点,而不是再刷一个榜
判读:本轮最值得实测的开源。对没有数据中心的团队,bioq 把"跑通一条 AIDD 流水线"的门槛从"运维问题"降回"科学问题"。 风险:依赖远程服务,数据出域需评估。

A2. AdaptiveFlow —— 超大规模虚拟筛选进入"常规化"(Nature Biotechnology, 2026-09-01)

项数字
化合物库Enamine REAL Space 即用对接版,690 亿分子(同时提供 SELFIES 格式)
核心机制18 维分子属性网格优先化学子空间 + 可选主动学习
成本相对现有方法降低约 1000 倍
扩展性集成 >1500 个对接协议(含 GPU 加速与 ML 方法);AWS 云上最多 560 万 CPU 近线性扩展
实验验证FSP1(铁死亡抑制蛋白 1)与 PARP1 上识别纳摩尔级抑制剂,FSP1 有高分辨率共晶结构验证
DOI10.1038/s41587-026-03217-x(开源)
判读:ULVS(十亿级虚拟筛选)此前是"有钱人才玩得起"的游戏,AdaptiveFlow 把它拉到常规工具价位。18 维属性网格 + 主动学习是值得直接抄进自建流程的设计。

A3. OpenBind 首个开源预测模型发布

A4. RFdiffusion3 现状确认

⚠️ 截至 2026-02 的实测提示:RFD3 生成的氨基酸序列恢复率不如 MPNN,官方仍建议接 ProteinMPNN 做序列重设计。流程应固定为 RFD3 出骨架 → ProteinMPNN 重设计序列。

B. 智能体与基础模型(降温证据集中出现)

B1. Virtual Biotech(Stanford, James Zou;Science)

项内容
规模最多 37,000 个 agent,由 CSO agent 指挥,分工为靶点识别 / 临床试验设计等部门
数据分析 55,000+ 项已发表临床试验
发现①靶向"在特定细胞类型中活跃的蛋白"的药物,上市概率高出近 50%
发现②以 CD276 为肺癌靶点,提出"CD276 抗体偶联抗癌药"策略
DOI10.1126/science.aeg6779
⚠️ 批评Nature 新闻同期点名:未在真实药物发现中验证,预测未经实验、更未经临床验证

B2. BixBench3 —— 生信全流程智能体评测(2026-09-04)

P0 级信号:从已发表计算生物学研究中抽取目标、方法约束与原始数据,让 agent 自建流程,产出与论文参考产物逐项比对。 20 项任务 × 13 个前沿模型,最高分 GPT-5.6 Sol 平均仅 0.48 → 只能稳定复现约一半达到严格阈值的目标产物。

B3. LatchBio 生信评测(更新 2026-09-01)

模型SpatialBench Verified(115 题)SingleCellBench(195 题)
Claude Mythos 5.177.6%61.9%
Claude Opus 572.5%60.6%
Claude Mythos 569.2%59.3%
Claude Sonnet 567.8%56.2%
判读:单步空间/单细胞分析已到 60–78%,但端到端流程(BixBench3)只有 0.48。差距不在模型,在长程流程编排与结果一致性 —— 这正是生信岗位短期内不可替代的部分。

B4. NRDD 降温共识(Bender 等 16 位学者,2026-08-07,DOI 10.1038/s41573-026-01496-2)

C. siRNA / ASO 专项(与 caiPro 直接相关)

C1. siProGenA(西湖大学,bioRxiv 2026-08-31)

对 caiPro 的直接含义:现有流水线大概率是"枚举窗口 → 给每个窗口配经典互补 guide → 排序",siProGenA 明确指出这是个 candidate-construction gap。"同一位点换几个 guide 变体"这一步,是低成本高收益的改进点。 DOI 10.64898/2026.08.31.748303

C2. FENNEC(Helmholtz Munich + Roche)

C3. 综述《From rules to foundation models: ML approaches for siRNA design》

C4. 小核酸产业侧

主体进展
瑞博生物2026-09 纳入港股通;H1 营收 4.2 亿、净利 2300 万扭亏为盈,现金 22 亿;凝血 FXI 小核酸全球进度第一(2A 期 FXI 活性降 92%、出血风险低,2027 进全球 III 期);APOC3 全球第二/国内第一;BD 总包超 60 亿美元;已成立 AI 智能药物筛选中心 + 布局 AI 驱动自动化实验室
前沿生物 FB7011MASP-2/CFB 双靶点 siRNA,IgA 肾病,已获中国临床批件 → 国内第三条双靶 siRNA 管线(另两条:时安 SA1211、乐普/民为 MWX205)
ArrowheadARO-DIMER-PA(PCSK9+APOC3)官方 IR 数字再确认;REDEMPLO(plozasiran) 已在美/欧/加/澳/中获批 FCS;zodasiran 全球 III 期 YOSEMITE(HoFH)

D. 政策与产业

D1. 十五五规划(工信部联规〔2026〕210 号,成文 08-28,发布 09-18)

10 项指标:规上营收 >3.5 万亿 · 创新药增速 ≥20% · FIC 占全球 ≥25% · 10 亿美元品种 ≥5 · 百亿药企 50 家 · 千亿园区 20 个 · 上市药企研发强度 ≥10% · 创新医疗器械 >200 个。

专栏 6「AI 制药高价值应用场景培育」五项:①智能靶点筛选与药物发现 ②智能制药与质量管理 ③智能医药使用及健康管理(数字孪生 + 虚拟患者模型)④智慧药械生产流通监管("两品一械"审评审批检查大模型与智能体)⑤智能真实世界研究及上市后评价。

官方解读新增提法:「加快研发医药垂类大模型与智能体」—— 比规划正文更进一步。

专栏 2「重点创新领域和产品」(本轮新发现):新模态药物明确列出 siRNA/ASO 等寡核苷酸药物、PROTAC/分子胶、口服环肽、PDC、RDC、AOC(抗体寡核苷酸偶联);递送系统点名 LNP、脑靶向、病理微环境响应型。

D2. 资本(2026-09-16 → 09-18 三天密集)

事件数字
Anew Labs(字节分拆,新生探途)天使/首轮 2.9 亿美元,投后 15 亿美元,字节仍持 56%;HSG/IDG/高瓴领投,五源联合领投,中国生物制药、上海未来产业基金战投;团队约 50 人(刘凯),上海/旧金山/新加坡;4 条在研管线,核心 AN-5162 为全球首个全谱 IL-17 小分子
英矽智能 RentosertibIII 期 2026-09-10 首例给药(北京协和 + 上海市肺科医院);47 中心 / 320 例 / 口服 52 周 / FVC 主要终点 / 钟南山联合 PI;IIa 期 Nat Med:60 mg 组 FVC +98.4 mL vs 安慰剂 −62.3 mL;预计 2029 顶线、2030 上市。H1 收入 1.063 亿美元 +287%、经调整净利 5123 万美元、毛利率 90.3%
金斯瑞09-11 配售募资约 23.27 亿港元,约 70%(16.29 亿)投向 AIDD 平台产能 + 自动化高通量湿实验室
诺和诺德 × Anthropic09-16 引入 Claude Science 支持药物发现
礼来 × 英伟达AI 创新实验室,5 年最高 10 亿美元,打通 computational dry labs 与 agentic wet labs
Orbis × 诺和诺德最高 14 亿美元,AI 大环药物(口服减肥)
金斯瑞 × 礼来 TuneLab提供湿实验服务,MNC 从"买 AI 能力"转向"建 AI 生态"
晶泰控股 26H1AI4S 收入 1.94 亿元 +136.4%,占比升至 49% 成第一引擎;VAST 虚拟库超 2 万分子订单;智能合成工作站复制至 13 家客户
剂泰科技 26H1营收 1.543 亿元 +13399%
融资结构2026H1 全球创新药一级市场 505 起(+6.1%),AI 制药事件占 11.5%、金额占 19.2%(同比 +4.6pct),已成仅次于小分子与抗体的第三大细分赛道
BD 定价平台级合作首付款中枢跃升至 5000 万–1.15 亿美元

D3. 国产大模型

E. 生信 / AIDD 岗位 JD 新样本(2026-09 在招,5 条)

岗位地点/薪资关键信号
CADD/AIDD 分子优化科学家(抗体方向)上海,30–50k×13工具清单首次出现 BoltzGen(AF2/AF3、Boltz-1/2、BoltzGen、RFdiffusion/2、ProteinMPNN、薛定谔/MOE/DS/Rosetta/WeMol);干湿闭环写进职责
AIDD 高级研究员(天勤生物)武汉,20–35k明确要求「AI Agent 智能计算代理部署实操经验,可依托智能代理搭建自动化计算工作流」
AIDD 平台负责人上海,60–90 万/年博士 5 年 + 3 年管理;企业级 AIDD 平台从 0 到 1;数据治理;FEP;完整靶点→IND 案例
Senior Scientist, AIDD(Oricell)中国香港,09-17核酸序列优化:密码子、二级结构、mRNA 稳定性/翻译效率/免疫原性、合成启动子、基因编辑与非病毒递送 — 与 caiPro 契合度最高
AIDD 药物设计(生物药,安必奇)北京通州,25–35k×13应用开源 AI 模型预测生物大分子结构 + 构建活性预测模型;PPI 整合驱动结构/活性双向迭代
连续第五轮稳定的 JD 共性:干湿闭环/数据回流 5/5 全中;结构预测默认 AF3/Boltz 系;生成设计默认 RFdiffusion 系。新增信号:BoltzGen 与「AI Agent 部署」首次进入标配描述。

四、风险清单

级别问题后果建议动作
P0BixBench3 最强模型仅 0.48,而多渠道在把"AI 自动做生信分析"当成熟能力宣传交付物静默出错:流程跑通了但产物不对,且难被发现任何 agent 生成的分析流程,必须与已知参考产物逐项 diff 后再采信;关键结论保留人工复核
P0NRDD:AUC 相同 ≠ 场景等效(top 10% 召回可差 2 倍,排毒性时优劣反转)用错评测指标 → 选出"跑分好但业务差"的模型选模型时先定义决策场景(要召回还是要精确排除),再选指标;不要用 AUC 单点决策
P17.87 亿美元融资归属冲突:09-21 记录为 Earendil,本轮两源均写"华深智药 7.87 亿美元 B 轮"引用错误数字以公司公告为准;下轮必须查一手澄清
P1Anthropic binder 两口径:22–35%(券商)vs 26.8%(独立验证)对外汇报被质疑统一采用 26.8%(独立验证) 并注明口径
P1AI 临床管线两口径:179 条 / 9 个 III 期 vs 173 个 / I 94 / II 56 / III 15同上引用时同时给出两个口径与统计截止时间
P1bioq 依赖远程服务舰队化合物结构/靶点数据出域,IP 与合规风险涉密项目用官方自托管脚本本地部署;勿直接把内部序列发到公共端点
P1xTrimo V4 指标无第三方验证依据虚高数字做选型视为厂商宣称;选型前要 PoC 实测
P2TDC ADMET 榜疑似灌水提交:Catalyst-V4-Turbo (Post-Cartesian HDC),术语堆砌("Quantum-Holographic Dual-Manifold Learning")、自带"Cryptographic HMK Proof"、声称 Cloudflare Edge Workers 上 $0.82ms 推理TDC 榜为自报制,直接引用名次会被伪科学污染引用 TDC 名次前,先核验是否有同行评议论文 + 可复现代码
P2Virtual Biotech 的 CD276 靶点与"细胞类型特异性 +50% 上市率"未经实验验证当结论传播会误导标注为"计算推论,待实验验证"
P2RFdiffusion3 序列恢复率不如 MPNN直接用 RFD3 输出序列成功率下降固定流程:RFD3 出骨架 → ProteinMPNN 重设计序列

五、给生信岗位的落地动作(按优先级)

优先级动作预期收益成本
1试装 bioq(仅 httpx 依赖),跑通一条"结构预测 → 对接 → ADMET"链路半天内在笔记本上跑通原本需要数天环境配置的多工具流水线0.5–1 天
2caiPro 加一个「同位点 guide 变体」生成器(siProGenA 思路:保留 seed 区与切割位点,做受控变体)论文实测 89.8% 的位点上优于经典完全互补;改动局限在候选构建层,下游打分不动2–3 天(先做规则版)
3引入 leakage-aware 数据切分(按基因/按 scaffold,而非随机行切分)修正基准虚高;避免上线后性能崩塌1 天
4把 AdaptiveFlow 的"18 维属性网格 + 主动学习"抄进自建筛选流程用 1/1000 成本覆盖同等化学空间3–5 天
5选模型改用场景化指标(top-k 召回 / 精确排除率)而非 AUC 单点直接对齐 NRDD 指出的核心误区0.5 天
6关注 ICH S13 与日本 Bepirovirsen 获批后的监管路径为 siRNA 项目注册策略提前准备持续

六、下轮(09-23 起)追踪清单

  1. TorchX 70.1% 的第三方独立复现(唯一未落地项;有明确发布锚点,值得留位)
  2. Bepirovirsen FDA PDUFA 10-26;欧盟/中国审评同步看
  3. VCC 终测:10-22 下发 3 条新细胞系 → 11-05 截止 → 11 月中下旬结果。看榜首能否显著高出 0.2629
  4. Anthropic 36 套件首篇独立复现:若 10 月底仍 0,按规则降级为工程参考(连续第五轮 0)
  5. 7.87 亿美元融资归属:查 Earendil / 华深智药一手公告澄清
  6. bioq 实测:能否在 macOS 上跑通 38 个工具中的核心 5 个;自托管脚本可用性
  7. 十五五专栏 6 配套细则、首批 AI 制药场景名单
  8. ICH S13 寡核苷酸安全性指导原则制定进展(连续两轮无更新)
  9. 国内双靶 siRNA:SA1211 / MWX205 / FB7011 首个临床数据
  10. Oricell 类 JD 持续抽样,验证「AI Agent 部署」是否成为 2026Q4 标配
本简报为 09-21 版的增量 diff,全景结构见 AIDD_趋势与开源技术全景_2026-09.md 与 AIDD_2026全景报告.html。