AIDD 增量简报 · 2026-09-21

以 09-20b 为基线的 diff：上版 12 问核查回执 → 本轮新增硬事实 → 风险清单 → 生信岗位可执行清单。检索窗口 2026-09-14 → 09-21，中英双语 10 轮。

增量 diff2026-09-21开源算法 / 平台生信岗位视角

AIDD 增量简报 · 2026-09-21

定位：不重写全景。以 09-20b 版为基线做 diff：先回执上版 12 个悬案，再补本轮新增硬事实，最后落到生信岗位可执行动作。检索窗口：2026-09-14 → 09-21（中英双语，freshness d3/d7/m1/m2，共 10 轮）。

一、结论先行（8 条）

#	判断	依据强度
1	"跑分体系"本身成了 2026 下半年的主战场。英矽 O3DC（129 个基准 + 强制 Caveat 字段）、OpenBind 首个实验数据集、BioML-bench 三方评测同时落地——竞争从"谁的模型分高"转到"谁定义尺子、谁拥有含失败案例的真实数据"。	高（三源互证）
2	OpenBind 首个数据集正式发布（bioRxiv 08-28），925 个晶体结合事件 / 699 化合物 / 601 条亲和力，CC-BY 4.0。连追三轮的悬案落地。实测结论偏冷：docking 强依赖口袋构象、pose 难排序、结构-based 亲和力预测仍不鲁棒——微调 OpenFold3-p2 才显著改善，等于承认通用零样本能力有限。	高（一手预印本）
3	英矽智能把 Benchmark 做成了商业漏斗：DDB（付费测评）+ O3DC（免费元索引，附"已知缺陷"+ GitHub 存活轮询）。诚实之处：Alex 自曝"主流前沿大模型在 75% 以上自研内部基准上不及格"。	中高（公司口径 + 第三方解读）
4	信达生物给出本轮最实在的产业数字：公司新分子产出约两成出自 AI，八成出自药化团队；并直言药企不放心云算力、自建数据中心今年年中才建成，产出比预期晚半年到八个月。AI 制药的速度上限不在模型，在算力落地和湿实验通量。	高（公开圆桌实名）
5	干湿闭环已成为招聘硬门槛。本轮抓取的 6 条 AIDD/生信 JD（华大智造、艾科智汇、昆山新蕴达、Oricell、明微、安必奇）全部把"数据回流→模型迭代"写进职责；默认技术栈固化为 AF3/Boltz-2 + RFdiffusion/BindCraft + RDKit/DeepChem。	高（JD 一手）
6	国产开源在两条线上同时登顶：阿里达摩院 DAMO RADAR 上 Science（腹部 CT 146 病种，AUC 0.913，模型+代码+框架全开源）；开物纪 Prophet 登顶 Matbench Discovery（0.912，超 Meta eSEN-30M-OAM、微软 MatterSim）。	高（期刊/榜单）
7	小核酸方向首个"单分子双靶"人体数据出炉：Arrowhead ARO-DIMER-PA（PCSK9+APOC3）I/IIa 中期，单次给药 mean maximal PCSK9 −72%、APOC3 −88%、LDL-C −54%、TG −73%。但仍是 mean maximal，无安慰剂校正、无固定时间点——引用时必须带这个 caveat。	高（公司 IR 原文）
8	AISB "开源 OpenFold3" 的二次失真卷土重来：本轮又抓到券商研报写成"依托 2 万+私有蛋白-配体结构训练出开源 OpenFold3，性能全面超越 AlphaFold 体系（Nature 头条 2026-09-14）"。该说法至今无一手来源，已在中文二手渠道扩散两轮。	高（负面证据稳定）

二、上版 12 问 · 核查回执

#	上版悬案	状态	本轮结果
1	VCC 10-22 终测 / 11 月结果	部分解决	拿到 Cell 正式论文 DOI 10.1016/j.cell.2026.08.004（CC BY-NC-ND）、完整赛制、奖金、赞助方、Cell-Eval 六项指标定义、2025 规模数字。终测 10-22 下发、提交截止 11-05 23:59 UTC（北京 11-06 07:59）、结果 11 月中下旬。仍未出结果。
2	Bepirovirsen FDA 10-26	未变	本轮无更新。
3	Anthropic 36 套件首篇独立复现	未变 + 新增风险	仍 0 篇独立复现。新增：官方明确标注 "explicitly unmaintained"（Apache-2.0，不维护）。生产环境引入需自建 fork。
4	TorchX 代码许可 + 70.1% 复现	部分解决	代码地址已公开：`github.com/Mingchenchen/TorchX/tree/TorchX-npu`（昇腾版）；官方称已开放推理代码、训练代码、模型权重及训练数据；两轮蒸馏曲线补齐（5.0k→34.0%、22.9k→65.9%、24.5k→70.1%）；TorchFold/TorchCraft 论文 + HF + web server 齐备。仍未解决：代码许可证未明示（官方只说"模型权重按 MIT 许可开放"）。
5	Proto 可安装性与 120 工具可用率	未变	本轮未检。
6	MHS 是否转开源	未变	仍为 research preview，需申请；未见开源信号。
7	Cell 专刊《Fifteen challenges》全文	未变	本轮未检。
8	AIntibody 第二届赛制	未变	本轮无更新。
9	OpenBind 首批数据	★ 解决	见下节 A。LIGAND-AI 仍无进展。
10	AISB 正式论文	未变（失真加剧）	仍无一手来源；本轮再次出现在券商研报中（见结论 8）。
11	十五五 9 专栏配套文件 / 场景名单	★ 解决	见下节 D。
12	Arrowhead MAPT / ARO-INHBE II 期	部分	ARO-DIMER-PA 拿到官方 IR 全文数字；REDEMPLO(plozasiran) 已在美/欧/加/澳/中获批 FCS；zodasiran 全球 III 期 YOSEMITE。MAPT/INHBE 本轮无更新。

统计：解决 2 · 部分 4 · 未变 6。 规律（连续第四轮同构）：凡"计划开源 / 论文待投 / 模型不公开 / 厂商自评"→ 回执几乎 100% 为"没有"。已固化为排期规则，不再为这类承诺预留追踪位。

三、本轮新增硬事实

A. 数据与评测基础设施（本轮最大增量）

A1. OpenBind 首个数据集（bioRxiv 2026-08-28，DOI 10.64898/2026.08.27.747600，CC-BY 4.0）

项	数字
靶点	肠道病毒 2A 蛋白酶（enteroviral 2A protease）
规模	925 个晶体学结合事件 / 699 个化合物 / 601 个化合物带亲和力
性质	号称最大公开单靶点实验结构-亲和力数据集；片段筛选 + follow-on 分子 + 亲和力，构成完整抗病毒发现 campaign
关键结论①	docking 性能强依赖口袋构象；pose 排序困难
关键结论②	结构-based 亲和力预测仍然困难，Boltz-2、AQAffinity 只能作互补组件，不能单独用于化合物排序
关键结论③	在片段筛选结构上微调 OpenFold3-p2 显著改善 pose 预测与虚拟筛选 → 早期实验结构可用于靶点专属适配
资助	英国 DSIT、NIH NIAID、UKRI、NCI；盖茨基金会约 287 万美元（2026-06 起），转向结核/疟疾/非激素避孕
目标	未来数年产出 > 50 万个此类结构

判读：OpenBind 兑现了承诺，但它同时给出了对通用共折叠模型最不利的第三方证据——不是"数据不够"，而是"拿到数据后仍要靠微调"。这条对做结合预测的人是直接的方法论指引。

A2. 英矽智能 DDB / O3DC（双层基准基础设施）

层	平台	内容
执行层	`ddb.insilico.com`（DDD-BaaS，商业）	① Drug Discovery Foundations：300+ 基础测评（深度去污公开数据 + 自研 OOD 分布外数据）② Drug Candidate Essentials：端到端候选药仿真测评，基线来自英矽走完临床前的真实项目
治理层	`o3dc.org`（开放联盟元索引，免费）	2026-08-24 发布，129 个基准 / 10 大类（分子性质、对接、结合亲和力、生成设计、逆合成、靶点识别、临床预测、AI Agent 评估等）；社区可提交 / 挑战 / 修订
核心设计	Caveat 字段	每条基准强制挂载"已知缺陷"：偏见、漏洞、已发表批评（例：DUD-E、PDBbind-CASF、PoseBusters），并自动轮询 GitHub 判断仓库是否停止维护
关键数字	单个候选药从立项到 PCC 约 1200 个基准校验点（是校验粒度，不是 1200 个公开数据集）

Alex Zhavoronkov 口径：主流前沿大模型在 75% 以上自研内部基准上不及格。
欧盟 JRC 2026-08 报告：基准分数不能直接证明工程落地就绪度。
对标阵营：BEACON 联盟（另一套 AI 制药基准基础设施）。

⚠️ 来源冲突（P1）：另有英文站（aidrugsearch.com）把 O3DC 描述为"Open-source Open-Optimization Drug-discovery Challenge"，给出完全不同的口径（412 个湿实验验证化合物 / 46 靶点 / 每次提交 1.8–4.5 万美元 / 8–14 周周期 / 最高分 1.40）。该站无可核验一手链接，判为低可信度 AI 生成内容。引用 O3DC 请用英矽官方与 o3dc.org 口径。

A3. BioML-bench（bioRxiv 2025.09.01.673319v2，开源 github.com/science-machine/biomlbench）

首个端到端生物医学 ML 任务的 agent 评测套件：4 领域（蛋白工程 / 单细胞组学 / 生物医学影像 / 药物发现），24 个任务，agent 需自己解析任务、搭 pipeline、实现模型、提交预测。
评测 4 个开源 agent：STELLA、Biomni（生物医学专精）vs AIDE、MLAgentBench（通用）。
结论（重要）：① agent 平均不如人类基线；② 生物医学专业化不带来一致优势；③ 采用更多样 ML 策略的 agent 分数更高 → scaffolding 比领域专精更决定性能。

**A4. LongevityBench / Longevity-LLMs / Longevity Claw（Cell 封面 2026-09-17，DOI 10.1016/j.cell.2026.08.026）**

英矽 + Liquid AI + 巴克衰老研究所 + 哈佛医学院 / 布莱根。全部开源（Hugging Face + GitHub + longevitybenchmarks.org 榜单）。
评测 18 个前沿系统（OpenAI/Google/Anthropic/xAI/DeepSeek/Moonshot）：无一在五个生物学域（临床、遗传、表观、转录、蛋白）全面领先；对提问措辞敏感；最难任务是从组学直接预测生物学年龄。
5 个小模型（0.6B–9B）打平或超越全部 16/18 个前沿系统；最佳 L-Qwen3.5-9B 在 26 个系统中第一，超过 Gemini 3.1-Pro；连 0.6B 都超过多数前沿模型。
Longevity Claw 覆盖 14 个衰老标志，提名 328 个基因，相对独立参考集富集最高 5.6 倍；**KDM1A 已被独立研究验证可延长 C. elegans 寿命**。
关联：09-07 Nat Biotechnol（DOI 10.1038/s41587-026-03286-y）——rentosertib IIa 期使 6 个蛋白组学衰老时钟上的生物学年龄下降。

**A5. VCC 2026 完整赛制（Cell DOI 10.1016/j.cell.2026.08.004）**

任务：跨细胞环境零样本扰动预测。6 株不同组织来源癌细胞系 CRISPRi + 10x Flex Perturb-seq；3 株验证（公开榜）+ 3 株隐藏测试；每株 300 个扰动 × 400 细胞 = 单次完整提交 6.7 亿个预测数值（360,000 预测细胞）。
不提供任何挑战赛专属训练集——参赛者可自由使用公开/自有数据与预训练模型（"零样本"是限定的，不等于无先验）。
评分：Cell-Eval 六项指标（PDS 扰动判别 / MSE 表达精度 / NMAE DE 效应量 / FID DE 方向保真 / REACH 方向覆盖深度 / JAC DE 集合重合）；0 = 细胞背景均值基线，1 = 实验重复水平，Overall = 六项非加权平均。
时间线：验证数据与榜单 08-20 开放 → 终测 10-22 下发（无实时反馈）→ 提交截止 11-05 23:59 UTC（北京 11-06 07:59） → 结果 11 月中下旬。奖金 10 万/5 万/2.5 万美元 + NVIDIA Brev 算力；赞助 NVIDIA、10x Genomics、Ultima Genomics。
2025 首届规模：114 国、5000+ 注册、1200+ 团队提交、300+ 进入最终评测。
实时榜单（09-13，第三方团队自述）：933 支队伍；榜首 0.2629，自述队（Team 42）0.1511。1.0 才是"重跑一次实验"的水平——整个领域仍在靠边缘。与去年"深度学习打不过 PCA+LR"的独立研究一致。
关联三方基准：广州国家实验室田鲁亦 + 西湖大学刘晓东，Sci Adv 2026-09-09 —— 25 个跨模态跨物种数据集、13 个方法、24 项指标；模型表现强烈依赖扰动效应大小与评价视角，弱效应下绝对表达一致性容易"刷高分"。

B. 结构预测与生成设计 · 新增开源

模型	来源 / 时间	许可	要点
Atlas / AtlasFold	KAIST（Woo Youn Kim / Seonghwan Seo），bioRxiv 2026-09	MIT，训练代码+训练数据+各阶段 checkpoint+权重全开	AtlasLM-3B（30.6 亿参数，MLM，15.6 亿条序列）。纯 LM 无 MSA：单体在 CAMEO22/CASP14/CASP15 全面超 ESMFold、SimpleFold-3B，CAMEO22 与 AF2 基本打平；Ab-Ag 仅 25,000 步微调即 DockQ 成功率 46.96%（AF3 49.3%）。1024 残基 5 结构 11.57 s（AF2 单模型 34.38 s）；2048 残基峰值显存 39.81 GiB，约为 ESMFold2（160.32 GiB）的 1/4（B200 单卡，不含 MSA 时间）
Anthropic 36 套件	`anthropics/uplifting-biomolecular-modeling`，09-17	Apache-2.0，官方明示不维护	覆盖 AF3（JAX+Torch）、Boltz-2、OpenFold3、ColabFold、ESM C、RFdiffusion3、Protenix、Chai-1、ESMFold2、Borzoi 等。H100：Exact 1.6× / Fast 4.2× / Big 3.5×；Fast 最快 Chai-1 6.4×。自研 FlashPairformer：三角注意力 2.7–2.9×、三角乘法 1.7–3.2×。Big 模式单节点 >10,000 tokens；单台 B300 可跑 >70,000 tokens。配套 Adaptyv 竞赛：100 万 Claude credits + 25 万 Modal + Twist 供 DNA + 5000+ 设计湿实验
TorchX	昌平实验室 × 华为，09-17	权重 MIT（代码许可未明示）	代码：`github.com/Mingchenchen/TorchX/tree/TorchX-npu`。三模块：TorchFold（Ab-Ag 结构预测）/ TorchScore（跳过扩散、走置信度通路评分）/ TorchCraft（跨分子类型统一全原子设计：微型蛋白、框架约束 VHH、环肽、小分子口袋）。两轮置信度筛选蒸馏：5.0k→34.0%、22.9k→65.9%、24.5k→70.1%（FoldBench）。IFNAR2、IL-7Rα 的微型蛋白/VHH 经 BLI 验证达纳摩尔且实验候选直接取自输出。华为智算实验室方案已落地 230+ 机构
Proteina-Complexa + latent generative search	NVIDIA，bioRxiv 09-12	代码 `github.com/NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa`	潜空间序列-结构共设计（去掉逆折叠步骤），推理时 reward-guided search 引导。>100 万设计噬菌体筛选，产出比所有对照方法更多验证结合物；首次 de novo 结合游离碳水化合物，且能区分血型抗原。合作方含 Manifold Bio、Viva Biotech、Novo Nordisk
PANDA	天津科技大学生物技术学院，bioRxiv 09-13	预印本	全原子去噪生成，笛卡尔空间联合采样序列+坐标，全局/局部双轨耦合；motif 距离条件提升功能 scaffolding
ATOMICA	Harvard / Zitnik，bioRxiv 09-07	预印本	200 万 interface 预训练，跨蛋白/配体/离子/核酸的原子-界面通用表征；零样本 pocket-ligand；暗蛋白组辅因子预测 + 血红素实验验证
MODERNA 抗体图灵测试	Moderna（Eric J. Ma 等），bioRxiv 10.64898/2026.09.11.750936	预印本	WGAN-GP 92/93（99%）实验可表达 vs VAE 2/40（5%）。⚠️ 但两组候选采样协议不对称：GAN 无条件采样，VAE 用未参与训练的已上市抗体隐变量种子。作者自己点明：VAE 改回训练集分布采样后，in-silico 可开发性画像与 GAN 相当 → 差异主要来自采样策略而非架构

C. 智能体与干湿闭环

项	时间	要点
Anthropic 五层推进	04→09	04 收购 Coefficient Bio（~4 亿美元）→ 06-30 Claude Science beta（60+ skills/connectors，评审 agent 审计引用与计算，结果带可审计历史）→ 08-27 MHS 硬件标准（research preview，read/write 原语 + MCP/CLI/code 三通道；QuEra 激光锁恢复 700 次 99.3% vs 手工 58%、150s→6s；Janelia 7 厂商归一；Genentech 移液+机械臂+读板机）→ 09-17 36 套件 + LSVP beta（Standard / High-risk Use，首开 Mythos）→ 09-18 旧金山湾区自建湿实验室。同日 08-27：AI for Science 计划扩容，单项目最高 5 万美元 credits + 学术/非营利 10,000 个一年期 Claude Team 席位
诺和诺德 × Anthropic	09-16	Claude Science 进入 Novo 选定研发流程；合作条款写明数据治理与人工监督。Novo 年内第三笔大 AI 合作（4 月 OpenAI、8 月 AWS）。NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit（06 发布，Evo 2 / Boltz-2 / OpenFold3 作 agent-callable skill，50+ 公司在用）原生接入 Claude Science
AutoScientists	开源	`gitcode.com/gh_mirrors/au/AutoScientists`；依赖仅 Node 22+ / Python 3.9+ / Claude Code CLI（`npx clawinstitute start`）。多 Agent 围绕假设自组织成团队、花算力前互相评审提案、共享成败。官方成绩：BioML-Bench 平均分位 74.4%（超最强单 agent +8.33%）；nanoGPT 训练优化达标 1.9× 更快；ProteinGym ACE2-Spike +12.5%
ADMET-EvO	arXiv 2609.10121，09-09	浙大侯廷军组等。证据门控（evidence-gated）自进化科学 agent：形式化 endpoint → 生成可证伪假设 → 跨数据/特征/模型轴检验，把"支持/拒绝/不确定"三类结果带入下一轮。TDC 22 任务 ADMET benchmark 任务归一化得分 96.77；证据引导选择使累计拟合时间 −72.2%（在非劣界内）；另形式化 43 个毒性相关任务
Isomorphic Labs 现状	09-16 Semafor 未来健康论坛	药物发现负责人 Chris Butler：所有 AI 模型锁死在内部（"locked down in-house"）；临床前 on track，重点肿瘤 + 免疫；合作方 Novartis、Eli Lilly、J&J；正与监管机构沟通 AI 加速开发的审评路径。回怼"前沿减速"论："我们在别处做什么决定都不影响我们的推进"

D. 产业与政策

D1. 《医药工业发展"十五五"规划》（工信部等十部门，2026-09-18 正式发布） —— ★ 上版悬案解决

十部门：工信部、发改委、自然资源部、农业农村部、商务部、卫健委、应急管理部、医保局、中医药局、药监局。
8 维度 / 25 项重点任务 / 9 大专栏。
10 项预期性指标（到 2030）：规上医药工业营收 >3.5 万亿；创新药产业规模增速年均 ≥20%；FIC 占全球比例 ≥25%；全球年销售额超 10 亿美元品种 ≥5 个；百亿级药企 50 家；千亿级园区 20 个；上市药企平均研发投入强度年均 ≥10%。
专栏 6「AI 制药高价值应用场景培育」五项全文：①智能靶点筛选与药物发现（靶点筛选、分子设计优化、化合物虚拟筛选、候选药特性分析、动物模型数据挖掘、中医药人用经验、实验室数据集成管理、辅助临床试验方案审评）②智能制药与质量管理（全流程数据采集与追溯、关键质量属性实时预警闭环）③智能医药使用及健康管理（数字孪生 + AI 预测 → 高仿真虚拟患者模型与疾病演进模型）④智慧药械生产流通监管（"两品一械"审评审批检查大模型与智能体）⑤智能真实世界研究及上市后评价。
前沿技术点名：人工智能、量子计算、超算、计算医学赋能药物研发；前沿方向含小核酸、分子胶、不可成药靶点；深化基因编辑、分子精准递送、细胞编程与调控、先进组学。
配套数字：2025 年中国创新药 BD 交易总额 1356.55 亿美元（历史新高）；截至 2026-07 国内创新药在研管线占全球 39%；A 股医药板块总市值 >6 万亿。恒瑞已建"恒瑞-灵枢"平台。

D2. 资本与产业动态

事件	数字
Anew Labs（字节分拆，09-16）	首轮 2.9 亿美元，投后 15 亿美元，字节留 56%。HSG（原红杉中国）+ IDG + 高瓴领投，五源/高榕/春华/博裕跟投，中国生物制药 + 上海未来产业基金战投，火山引擎供算力。核心约 50 人（一说 36 人），4 条管线全临床前；AN-5162 是唯一能同时抑制 IL-17AA/AF/FF 三种二聚体的小分子（IL-17FF 长期被认为小分子不可靶向），Q4 计划 IND。市值参照：Isomorphic 21 亿（5 月 B 轮）、Xaira ~13 亿、Earendil 7.87 亿
英矽智能 H1 2026（内部分享会口径，09-03）	收入约 1.06 亿美元（+287%），首个半年盈利，调整后净利 >5100 万美元；2026 年已公告交易 TCV 约 73 亿美元；H1 新签 73 亿、累计 110 亿（礼来、施维雅、武田、SK、齐鲁、康哲）；账上 5.85 亿美元；33 条管线 / 10 条临床；上半年提名 9 个 PCC，全年 >10；单 PCC 12–18 个月（传统 1/4–1/5）、300–500 万美元（传统 ~1/10）；传统药企一个 PCC 试 1000–2000 个化合物，英矽 100–200 个；全公司约 300 人（~100 纯 AI + ~100 生物医药）。⚠️ 管理层自认：全球推到 III 期的 AIDD 药不到 10 个，样本量不足以产生统计显著性
信达生物（张江药谷圆桌）	AIDD 负责人陈珊：公司新分子产出约两成出自 AI、八成出自药化团队；药企普遍不放心云算力，自建数据中心今年年中才建成，产出比预期晚半年到八个月
Generate Biomedicines	GB-4362 推进临床，设计目标为突破同类分子耐受性上限
材料侧（横比）	开物纪 Prophet 登顶 Matbench Discovery（综合 0.912，超 Meta eSEN-30M-OAM、微软 MatterSim）+ Prophet-Spin 磁态；CuspAI B 轮 4.5 亿美元、估值 26 亿，发起 AI Materials Foundry（45 家创始伙伴含 NVIDIA/Meta/三星/现代）
通用模型（横比）	阶跃 Step 5 Preview：600B 总参 / 27B 激活，Artificial Analysis 44 分，与 2.8 万亿参数 Kimi K3 持平，10-15 开源完整权重；智谱 GLM-5.3 驱动的基建程序自主完成 GLM-5.3-Flash 推理基建设计、调试与优化（RSI 工程化）

E. 小核酸专项（对 caiPro 直接相关）

E1. ARO-DIMER-PA（Arrowhead，官方 IR 原文 2026-09-15） —— 全球首个单分子双靶 RNAi 人体数据

靶点 PCSK9 + APOC3（TRiM™ 平台，dimer 技术）；适应症混合型高脂血症所致 ASCVD；ARODIMER-PA-1001，最多 78 例成人，随机安慰剂对照 I/IIa。
单次给药 mean maximal：PCSK9 −72%、APOC3 −88%、LDL-C −54%、TG −73%、non-HDL-C −61%、ApoB −50%。
安全：单次递增已完成至 400 mg；最常见 TEAE 为注射部位事件与头痛；无药物相关 SAE。多次给药仍在评估。
横向对比（兴证口径）：Inclisiran 单次 PCSK9 −74.5% / LDL-C −50.6%；Plozasiran 单次 APOC3 ~−94% / TG ~−63%。
⚠️ 引用 caveat：官方口径是 "mean maximal single dose reductions"，未披露固定时间点、未做安慰剂校正。完整数据待医学会议。 数据公布当日 ARWR 股价 −9%。
组合状态：REDEMPLO（plozasiran）已在美/欧/加/澳/中获批 FCS；zodasiran 全球 III 期 YOSEMITE（HoFH）。

E2. 国内双靶 siRNA 卡位

公司/管线	靶点	状态
苏州时安 SA1211	HBV HBx + 肝实质细胞 PD-L1	2025-11 首例给药，公开信息中首个进入临床的单分子双靶 siRNA；思路为同时压制病毒复制 + 调节肝脏免疫微环境以降低停药反弹
乐普/上海民为 MWX205	PCSK9 + ANGPTL3	2026-06 获澳大利亚 HREC 批准 I 期；恒河猴 PCSK9 抑制 82.21%、ANGPTL3 94.41%、LDL-C −74.28%
其他布局	—	必贝特、迈威/Kalexo、瑞博生物、前沿生物、中国生物制药

E3. 算法与平台

晶泰 Kodexia™（siRNA）：生成式 AI + 第一性原理；前瞻性体内药效预测（早期即评估体内表现，缩小体外-体内转化断层）；高通量干湿闭环；分子设计效率较传统提升 2–3 倍，部分靶点数月拿到 PCC；6 条 siRNA 管线（代谢/肾病/呼吸/中枢），超半数完成体内药效；双靶点 siRNA 作整体分子统筹优化；递送储备覆盖抗体/多肽/小分子偶联 + LNP；同步布局 ASO 预测模型。
康诺亚 VESIR 平台：AI siRNA 设计 + 高通量合成筛选 + 自主化学修饰（新型 5′ 端磷酸模拟物、siRNA 微调修饰、降低脱靶的种子区域修饰）；GalNAc 肝递送 + XOC 模块化肝外递送。
ASOCompass（bioRxiv 10.64898/2026.08.03.742461）：上下文 + 化学感知的 ASO 活性预测。位置对齐表征 + 修饰单体分子表征 + binding-aware 交叉注意力；剂量/递送 + 转录组衍生的靶基因/细胞系表征；化学属性与热力学多任务。ASO Atlas 上四种分布偏移全部最高 Spearman：合并测试集 0.5970 vs OligoAI 0.5549；少样本微调 SOD1 0.830、KLKB1 0.696（1024 条标签）。
ASOMAR / LM2556（浙大良渚实验室沈宁团队，Med 封面）：AI 智能体部署最优 ASO，靶向 LMNA 转录本，清除毒性 lamin A 异构体、恢复核膜形态；患者来源心肌细胞 + 心脏类器官 + 早衰症小鼠验证，中位寿命延长 82.86%。
UFold-X（NAR 2026-09-12）：CNN + Mamba 状态空间分支 + 动态门控，长程 RNA 二级结构预测，长 RNA 上超 DL 基线，辅助变体与 SHAPE 反应性对齐。→ 对 siRNA 靶点可及性建模有直接参考价值。
监管（美迪西 BIONNOVA）：ICH S13 寡核苷酸安全性评价指导原则仍在制定；核酸药物毒性三条主线 = 杂交依赖在靶毒性 / 杂交依赖脱靶毒性 / 杂交非依赖脱靶毒性；siRNA 递送载体易引发免疫刺激；需适时采用人源体外模型弥补动物试验种属局限；LC-MS/MS 精准检测不同生物基质中的 siRNA 浓度。
眼用小核酸综述 Pharmaceutics 2026, 18(9), 1189（09-20 发表）：主要限制仍是分子稳定性、组织滞留、免疫激活、脱靶、眼部递送效率。

F. 国产开源（医疗与材料）

DAMO RADAR（阿里达摩院 + 浙大一院等，Science 2026-09-18，模型 + 核心代码 + 全套技术框架全面开源）：面向腹部增强 CT 的通用医疗影像模型，18 个器官 / 146 种病症；首创"器官级细粒度对齐"（CT 三维数据拆为解剖单元，在器官层面与报告文本对齐，无需人工标注）；近 4 万例真实世界检查平均 AUC 0.913，急腹症 AUC 0.904；14 家机构 26 名医生（11 资深 + 15 初级）/ 300 名患者人机对比，模型平均准确率超过其中 23 名医生；AI 提示下医生敏感性 +10%、阅片耗时 −30.7%、低年资达高年资水平。
开物纪 Prophet：Matbench Discovery 综合 0.912 登顶，超 Meta eSEN-30M-OAM、微软 MatterSim；背后是超 3 亿构型数据体系。

四、风险清单

级别	风险	后果	处置
P0	Anthropic 36 套件明示 "unmaintained" 且 0 篇独立复现	直接依赖上游会随 PyTorch/CUDA 升级静默失效；"4× 提速"只有厂商自评	若要用，立即 fork 到内部仓库并锁 PyTorch/CUDA 版本；只用 Exact 模式做论文复现，Fast/Big 只做探索；上线前在自己的数据上跑一遍精度回退测试
P0	AISB "开源 OpenFold3" 二次失真持续扩散	中文研报已把它当既成事实写进技术栈章节，会污染团队技术选型与上级汇报	内部一律标注"无一手来源，未证实"；任何汇报引用的 OpenFold3 口径必须回到 aqlaboratory/openfold3 官方仓库
P1	O3DC 存在两套互相矛盾的定义（英矽官方"基准元索引" vs 英文内容农场"湿实验必测挑战赛 + 412 化合物 + 收费 1.8–4.5 万美元"）	引用错口径会直接出错	只用 o3dc.org 与英矽官方；见到"412 validated compounds / 46 targets / 1.40 分"一律视为未证实
P1	TorchX 代码许可未明示	官方只说"模型权重按 MIT 许可开放"，训练/推理代码的许可证没有公开声明；企业商用存在法律不确定性	商用前直接向昌平实验室/华为确认代码许可；在拿到书面答复前，只用于内部科研评估
P1	ARO-DIMER-PA 是 mean maximal、无安慰剂校正	直接写进汇报/立项材料会被挑战；市场已用脚投票（−9%）	引用必须带 "mean maximal single dose, 未做安慰剂校正，完整数据待医学会议"；只可作为"单分子双靶可行性已验证"的定性依据，不可用于头对头疗效比较
P1	BioML-bench：agent 平均不如人类基线，且领域专精不带来优势	团队若押注"生物医学专用 agent"可能选错方向	自建 agent 优先投入 scaffolding 与策略多样性（多模型、多特征、多验证路径），而非堆领域知识库
P2	VCC 2026 实时榜首仅 0.2629（1.0 = 实验重复水平）	虚拟细胞的零样本跨环境预测仍不可用	不要把虚拟细胞模型用于任何前瞻性靶点决策；只作为排序假设的辅助
P2	Moderna 抗体生成对比存在采样协议不对称	"GAN 99% vs VAE 5%" 若被简化引用会误导架构选型	内部复现/引用时必须带上"两组候选采样方式不同，作者自认主因是采样策略"
P2	Longevity-LLMs 的"超前沿模型"结论建立在英矽自建基准上	存在出题人优势	好消息是基准已开源（HF + GitHub + 榜单），可自查；在自有数据上复现后再采信

五、生信岗位可执行清单

5.1 本轮 JD 共性（6 条 AIDD/生信岗位，2026-09 在招）

维度	出现频率	具体要求
干湿闭环 / 数据回流	6/6	"AI预测-合成测试-数据回流"；"预测-验证-数据回流-算法迭代"；"bidirectional feedback loop between computational prediction and high-throughput wet-lab validation"；"有自己设计过'数据回流→模型更新→效果提升'闭环的实操经验"
结构预测默认栈	5/6	AlphaFold3、Boltz-2（RoseTTAFold 渐退）；环肽岗明确列 Boltz2
生成设计默认栈	4/6	RFdiffusion、BindCraft、PocketXMol、PPIFlow；ProteinMPNN
化学信息学	4/6	RDKit、DeepChem；传统 CADD（薛定谔/MOE/Rosetta）与 AI 融合流程
核酸序列优化	2/6	密码子优化、二级结构预测、mRNA 稳定性/翻译效率/免疫原性、合成启动子与动态响应开关、非病毒递送（Oricell 岗最贴近 siRNA 方向）
LLM/Agent 栈	3/6	LoRA/RLHF 微调、LangChain、RAG、把 GATK/AlphaFold/Bioconductor 封装成 agent 工具
学习范式	2/6	主动学习、自监督学习、在线学习（持续优化范式）
MD 与自由能	2/6	GROMACS / AMBER / OpenMM，RMSD、MM-GBSA

5.2 具体到 caiPro / siRNA 方向，本轮可立刻落地的 6 件事

补一个"生成质量评测层"。参考 seqme（szczurek-lab，BSD-3，覆盖 ncRNA，支持 one-shot + 迭代优化）+ 本轮的 ASOCompass 评测设计（四种分布偏移：held-out drug / target gene / cell line / gene-cell-line joint）。现在 caiPro 只有打分没有"生成得好不好"的量化口径。
引入 UFold-X 思路做靶点可及性。长程 RNA 二级结构 + SHAPE 反应性对齐，直接对应"靶位点是否暴露"这个 caiPro 目前靠启发式规则处理的环节。
把 4 步流水线重构成 Proto 的四原语（Sequence / Generator / Constraint / Optimizer，多目标 = 约束能量之和）。本轮 JD 普遍要求"可迭代的算法管线"，原语化是能说清楚的最低成本改造。
脱靶评分对齐监管口径。美迪西给出的三条主线（杂交依赖在靶 / 杂交依赖脱靶 / 杂交非依赖脱靶）应作为 caiPro 脱靶模块的分类框架；ICH S13 仍在制定，提前对齐可在申报时省一轮返工。
加"化学修饰-活性"联合建模。ASOCompass 证明把修饰从"离散标签"换成"修饰单体的分子表征"能提升跨分布泛化（Spearman +0.042）；康诺亚也在做种子区域修饰降脱靶。这条对 siRNA 同样成立。
引用纪律写进 README：ARO-DIMER-PA 必须带 mean maximal caveat；AISB/OpenFold3 与 O3DC 的"412 化合物"口径一律标注未证实。

5.3 值得立刻克隆/试跑的开源仓库

仓库	用途	许可
`github.com/Mingchenchen/TorchX/tree/TorchX-npu`	全原子设计（微型蛋白/VHH/环肽/小分子口袋）	权重 MIT，代码待确认
`github.com/NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa`	潜空间序列-结构共设计（免逆折叠）	待确认（NVIDIA）
`github.com/anthropics/uplifting-biomolecular-modeling`	30+ 模型推理提速（需 fork，不维护）	Apache-2.0
`github.com/science-machine/biomlbench`	端到端生物医学 ML agent 评测（24 任务）	开源
`gitcode.com/gh_mirrors/au/AutoScientists`	多 Agent 科研团队框架	开源
`github.com/szczurek-lab/seqme`	生成序列设计评测（含 ncRNA）	BSD-3
Atlas（KAIST，MIT 全量开源）	无 MSA 结构预测 + Ab-Ag，显存 1/4	MIT
Longevity-LLMs / LongevityBench（HF + GitHub）	领域小模型 vs 前沿大模型的对标方法	开源

六、下轮（09-22 起）追踪清单

VCC 2026 终测 10-22 下发 / 提交截止 11-05 / 结果 11 月中下旬 —— 看榜首能否显著高出 0.2629，以及是否有纯 NN 方法冲进前列。
Bepirovirsen FDA 10-26（连续两轮无更新）。
Anthropic 36 套件首篇独立复现（连续三轮 0）—— 若 10 月底仍为 0，按规则降级为"工程参考，不作生产依赖"。
TorchX 代码许可官方答复 + 70.1% 的第三方复现。
Proto 可安装性与 120 工具真实可用率（两轮未检）。
MHS 是否转开源；Anthropic 自建湿实验室的首批产出。
AIntibody 第二届赛制；Cell 专刊《Fifteen challenges》全文。
O3DC 口径冲突的官方澄清；BEACON 联盟对标进展。
AISB 正式论文（连续四轮无一手来源 → 下轮起降为"仅作失真监测"）。
十五五专栏 6 的配套实施细则 / 首批场景名单；AI 制药高价值场景的落地项目公示。
Arrowhead ARO-INHBE MASH II 期 / MAPT CNS；国内双靶 siRNA（SA1211、MWX205）首个临床数据。
ICH S13 寡核苷酸安全性评价指导原则制定进展。
英矽 O3DC 社区治理首批修订条目（看 Caveat 机制是否真被使用）。
阶跃 Step 5 完整权重 10-15 开源是否兑现。

本简报为增量 diff，完整全景见 AIDD_趋势与开源技术全景_2026-09.md 与 AIDD_2026全景报告.html；前序增量见 09-10 / 09-11 / 09-15 / 09-15b / 09-16 / 09-17 / 09-20 / 09-20b。

AIDD 情报 · 增量简报 · 由 WorkBuddy 自动生成（AIDD_增量简报_2026-09-21.html）。内容为公开信息整理与判读，不构成投资或决策建议。