| # | 结论 | 可信度 |
|---|---|---|
| 1 | 主线迁移：从「模型层」到「运行层」——谁能让模型跑得起、跑得准、跑得可复现。 | 高置信 · 四源互证 |
| 2 | ★ Anthropic 开源 36 个推理优化套件（anthropics/uplifting-biomolecular-modeling，09-17，Apache-2.0）。Exact 1.6×、Fast 4.1×；蛋白设计单靶点成本 ~1 万美元 → ~150 美元。 | P1 7 次超大规模运行全失败 |
| 3 | ★ TorchX（昌平实验室 × 华为，09-17，MIT）：全球首个 NPU 原生开源全原子体系。Ab-Ag 34.0% → 70.1%；代码 + 权重 + 训练数据全开放。 | 厂商自评 P1 |
| 4 | ★ AlphaGenome Atlas（09-08）：AVI 把已知因果变异排进 top-50 的比例 29.5% vs CADD 12.5%。Ben Lehner：「这不是 AlphaFold 时刻」。 | P0 许可陷阱 |
| 5 | ★ BenchAudit 审计 51 个 benchmark（Chem. Sci.）：TDC/MoleculeNet/Polaris/DTI 普遍泄漏与标签冲突；换测试集就能换榜首。工具已开源。 | 对 caiPro 最有用 |
| 6 | ★ Insilico Longevity 三件套上 Cell 封面：17 任务 / 5 域；9B 小模型综合第一；0.6B 在蛋白年龄预测 MAE 5.7 年 vs 前沿最佳 10.1 年。 | 领域数据 > 参数规模 |
| 7 | ★ VCC 2026 论文上 Cell；首届复盘：BioMap 夺冠（DL+统计），第三名基本纯统计，MAE 全线输给均值基线。本届参赛者爆料：复制公开 CRISPR 数据即可进前 10。 | P0 榜单 ≠ 泛化 |
| 8 | 核酸：递送端全面打满，临床端仍在翻车。ARO-RAGE 吸入式首个 RCT 成功、ARO-DIMER-PA 双靶点验证成功；同期 pelacarsen III 期 HORIZON（n=8,323）未达主要终点。 | P0 biomarker ≠ 事件 |
| 上版待查 | 本轮结果 | 判定 |
|---|---|---|
| ① VCC 终测 / 结果 | 正式论文上 Cell（S0092-8674(26)00931-1）；赛制补全；首届完整复盘曝光；参赛者爆料「抄数据进前 10」 | 实质进展 |
| ② Bepirovirsen FDA | III 期 B-Well 1/2（29 国 1,838 人，NEJM 2026-05-28，DOI 10.1056/NEJMoa2515131，PMID 42206582）：功能性治愈 19%（233/1,220），基线 HBsAg≤1000 达 26%（200/768），安慰剂 0%；日本 08-24 获批；PDUFA 2026-10-26；≥3 级 AE 16% vs 3% | 解决 |
| ③ AISB 论文 / 第三方基准 | 仍未评审、模型不公开。Apheris 官方博客补全：20,167 私有结构联邦微调 OpenFold3，1,056 留出；PL-lDDT≥0.8 35.6%→52.1%，bisyRMSD≤2Å 28.9%→46.8%，Boltz-2 约 40%，领先最强公开基线 11 个百分点。争议点：药企内部结构常不够 PDB 沉淀标准，数据质量未核 | 部分 |
| ④ OpenBind / OB0 实测 | 无新增 | 未变 |
| ⑤ LIGAND-AI 首批 | 无新增 | 未变 |
| ⑥ siProGenA 代码 | 仍无仓库（CC-BY-NC-ND 4.0）。但拿到完整可复现规格：Huesken/Mix/Takayuki 经 OligoFormer 整理，19-nt guide + 57-nt mRNA window，1,258 重建片段 / 726 阳性，transcript-level 80/10/10，测试 120 片段含 62 阳性；Stage1 = 4 层 Transformer + D3PM（T=100，uniform-absorbing，cosine），50 epoch；Stage2 = 6 层 BFN + Best-of-N 蒸馏 + 预训练 OligoFormer evaluator；单卡 RTX 4080 SUPER，6h + 4h；基线 8 个 | 降级 |
| ⑦ VenusFold 独立复现 | 仍厂商自评。但确认 FoldBench 是第三方基准（Nat Commun DOI 10.1038/s41467-025-67127-3，1,522 组装 / 9 任务，复旦+上交+临港），原文明确 Ab-Ag 失败率 >50% | 部分 |
| ⑧ Carbon / FlexRibbon / HoloCell | Carbon Database 09-15 全球开源（唯一确定）；Carbon 30 亿参数 vs Evo2 70 亿，推理 +275×，16 万亿碱基注释；MatOS 计划 10 月中旬开源；FlexRibbon / HoloCell 权重仍无公开地址 | 部分 |
| ⑨ Paper2Agent 泛化实测 | 无新增 | 未变 |
| ⑩ 书生-S2 / NCP-ArchPreview | 无新增 | 未变 |
| 模块 | 要点 |
|---|---|
| TorchFold | Ab-Ag 复合物预测。保留 AF3 架构，三项训练创新（界面特异性坐标损失、高噪声扩散调度、两轮置信度筛选蒸馏）；非冗余 Ab-Ag 训练样本 5,000 → 24,500；FoldBench 成功率 34.0% → 70.1%；5 个不同来源/时间/抗原组成的基准上均稳定 |
| TorchScore | 跳过扩散生成模块，直接走置信度通路评价候选复合物 —— 评分与生成解耦，适合大批量筛选 |
| TorchCraft | 预测器反演做全原子设计，跨分子类型统一：微型蛋白结合体 / 框架约束 VHH / 环肽 / 小分子结合口袋。IFNAR2、IL-7Rα 的微型蛋白与 VHH 经 BLI 验证达纳摩尔亲和力，实验候选直接取自 TorchCraft 输出 |
| 昇腾优化 | 37aa–2002aa 单卡 ≥1.7×，四卡并行 3.x×；已验证单卡 4K 级、整机 10K 级序列推理 |
| 地址 | 主页 torchx-cpl.github.io；Web server torchfold.openi.org.cn；NPU 版 github.com/Mingchenchen/TorchX（分支 TorchX-npu）；GitCode AI4Science/Mingchenchen；HF TorchX-CPL/TorchFold（权重 + 训练数据） |
与 TorchFold 同周、同任务（Ab-Ag）、两条相反路线——一个靠加数据，一个靠去 MSA。这是本周最值得对照的一组。
DOI 10.1016/j.cell.2026.08.026 · 卷 189 期 19 · 页 5980–5994.e8 · CC-BY-4.0 OA · Liquid AI + Buck Institute + HMS/BWH
| 组件 | 要点 |
|---|---|
| LongevityBench | 17 任务 / 5 域（临床 NHANES、遗传 OpenGenes+SynergyAge、表观 GEO 甲基化、转录 GTEx、蛋白 Olink）。评估 18 个前沿系统。没有单一模型五域全面领先；换提问方式性能显著漂移；从组学直接预测生物学年龄最难，堆规模无用 |
| Longevity-LLMs | 5 个（0.6B–9B，LFM2 / Qwen3 / Qwen3.5 底座，MMAI Gym for Science 微调）。综合排名 L-Qwen3.5-9B（4.4）第一，超过 Gemini 3.1-Pro（8.2）、Claude Opus-4.6（9.2）。GEO 甲基化年龄一致性 0.868 vs 前沿最佳 0.685；Olink 蛋白年龄 MAE 0.6B 模型 5.7 年 vs 前沿最佳 10.1 年 |
| Longevity Claw | 14 个衰老标志物上提名 328 个基因，相对独立发表的实验支持靶点集富集最高 5.6 倍；KDM1A 被独立研究验证（线虫延寿 + 肿瘤双靶点） |
可复用结论：在这类多组学推理任务上， curated 领域数据 + 优化 > 原始参数规模。这直接支持「siRNA 专用小模型 + 私有数据」而非追通用大模型的路线。
| 名称 | 许可 / 地址 | 要点 |
|---|---|---|
| NVIDIA Proteina-Complexa | bioRxiv 09-12NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa | 推理时 reward-guided search；序列与结构在潜空间共同设计，去掉逆折叠。>100 万设计噬菌体展示筛选，验证结合剂超所有对照；首次 de novo 结合游离碳水化合物，其中一个可区分血型抗原 |
| SIREN | 开源 Python PyPI siren-rnai | siRNA 生成 + 热力学脱靶 + dsRNA 累积脱靶评分 + 体外合成引物；自定义转录组；中灵敏度恢复 >75% 高灵敏度靶点；P. capsici 验证无脱靶表型 |
| HCAbLM | bioRxiv 09-17 | 全球首个全人源重链抗体语言模型。3.66 亿参数，73 只 HCAb 转基因小鼠 3,180 万条序列；SEC 纯度与 HIC 行为超越 ESM-6B、IgLM、AbLang |
| ShEPhERD-2 | bioRxiv 09-12（MIT Coley） | 以交互指纹（形状/静电/方向性药效团）为条件的 3D 生成，免重训做片段合并 / 选择性 / 双靶点 / 模态跳跃 |
| Inverse FoldDir | bioRxiv 09-11（Stanford） | 氨基酸单纯形上 Dirichlet flow matching 逆折叠，CATH recovery 超 ESM-IF1；纳米抗体变体有实验验证 |
| GenCDR | bioRxiv 09-10（AZ） | 抗体框架当 prompt、自回归联合生成全部 CDR，便于奖励归因与对齐 |
| RIBOSPAN | arXiv 2608.22849v2 | 1.61B 双向 RNA 基础模型，原生 10,240 nt，单核苷酸 tokenization；全长 mRNA 设计 + 同义密码子扩散 |
| Chemprop v2 benchmark | Zenodo 08-25 MIT | chemprop/chemprop_benchmark_v2 v0.1.0 —— 补上「弃用 TDC/MoleculeNet」后的新基线与脚本 |
| TAPAS / PPI 捷径审计 | KAIST 09-09 / arXiv 09-09 | TCR–pMHC 融合 AF3 界面置信度做表格学习；PPI 数据集捷径偏差审计 + 相似度感知划分 |
| 事件 | 数据 | 判读 |
|---|---|---|
| ★ ARO-RAGE Arrowhead · Nat Med 09-09 DOI 10.1038/s41591-026-04607-z |
全球首个吸入式 siRNA 人体 RCT。αvβ6 整合素小分子配体偶联 siRNA，雾化吸入选择性进肺上皮细胞沉默 RAGE。58 健康志愿者 + 19 轻中度 T2 哮喘；184 mg 单剂血清 sRAGE 最大降 76.6%、BALF 降 90.2%；抗药抗体 0/77；血浆暴露极低。2 期 NCT07241546 已启动 | 肝外递送的真突破，且是 RCT 而非厂商自评 |
| ARO-DIMER-PA 09-15 |
单分子双靶点：PCSK9 −72%、APOC3 −88%、LDL-C −54%、TG −73%、non-HDL-C −61%、ApoB −50%；400 mg 爬坡完成，无药物相关 SAE。对照：inclisiran PCSK9 −74.5%/LDL-C −50.6%；plozasiran APOC3 ~−94%/TG ~−63% | 技术成立，但只披露「平均最大降幅」，未给固定时间点或安慰剂校正值 |
| pelacarsen III 期 HORIZON 诺华 · 09-04 |
n=8,323，未达主要心血管终点；Lp(a) 强降但事件未降 | P0 biomarker ≠ 临床获益。直接影响 olpasiran（2028）、lepodisiran（2029）、inclisiran ORION-4（2027）估值逻辑 |
| Alnylam 成功率 | I→II 84.6%、II→III 87.5%、III 80.0%，总体 59.2%（行业 6 倍以上） | 风险集中在「技术 → 表型」段，不在递送/沉默段 |
| QurCan × 礼来 09-15 |
CNS/PNS 核酸药，非病毒 PLNP 递送（TERP™），单项目里程碑最高 2.37 亿美元 | CNS 递送是最缺解的战场 |
10 项预期性指标，最关键：首创新药（FIC）占全球比例 ≥25%；创新药产业规模增速年均 ≥20%；规上医药工业营收 ≥3.5 万亿元；医药工业上市企业平均研发投入强度年均 ≥10%；创新医疗器械上市累计 ≥200 个；年营收 >100 亿药企 50 家；千亿级园区 20 个；全球年销售额 >10 亿美元品种 ≥5 个。
AI 相关原文级表述：「加快人工智能、量子计算、超级计算、计算医学等新技术赋能药物研发」；「支持建设医药行业高质量数据集，打造医药健康可信数据空间，加快研发医药垂类大模型与智能体，围绕药物发现、临床研究、工艺优化、质量管理等环节打造 AI 制药高价值应用场景」。
→「垂类大模型 + 智能体 + 高质量数据集」被写进国家规划，这是国内 AIDD 岗未来 5 年的政策底盘。
| 主体 | 要点 |
|---|---|
| Anew Labs 字节拆分 · 09-16 | 2.9 亿美元首轮、投后 15 亿美元、字节留 56%；HSG / IDG / 高瓴领投，五源联合领投，高榕、春华、博裕、上海未来产业基金、中国生物制药（SBP）参投；算力继续由火山引擎供给；上海/新加坡/圣何塞，36 名核心成员；4 条管线，最快为全谱 IL-17 口服小分子（AA/AF/FF 全面阻断）。2026 年国内 AI 制药最大单笔 |
| 诺和诺德 × Anthropic 09-16 | Claude + Claude Science 进核心研发流程；BMS 3 万研发人员已接入 |
| 礼来 TuneLab × 金斯瑞 09-16 | 礼来开放基于 20 余年、50 万+ 条临床前数据训的预测模型，金斯瑞提供标准化可追溯的蛋白表达/纯化/表征湿实验服务 → 完整 DBTL 闭环 |
| 百图生科 × 华大智造 09-11 | 联合构建专属细胞大模型 + 虚拟细胞/虚拟扰动高质量数据基础设施 + 肝毒性 / 免疫原性 / 细胞形态属性预测智能体。百图生科 = 2025 年首届 VCC 冠军；xTrimo 2,680 亿参数，300+ 任务 SOTA |
| 中关村两院八项成果 09-13 | Carbon Database 09-15 全球开源（唯一确定）；Carbon 30 亿参数 vs Evo2 70 亿、推理 +275×、16 万亿碱基注释；FlexRibbon 首轮成功率 34%；HoloCell 6 亿细胞三组学；MatOS 计划 10 月中旬开源；商空间扩散模型（效率 +45%、30% 参数、较 AF3 对齐误差 −70%） |
| 监管侧 | 已批准上市 146 个人工智能医疗器械产品；《人工智能类医用软件产品分类界定指导原则》《深度学习辅助决策医疗器械软件审评要点》构成体系；医保局在康复/放射检查/病理立项指南中把「人工智能辅助」列为扩展项并纳入价格构成 |
| 级别 | 风险 | 后果 / 处置 |
|---|---|---|
| P0 | AlphaGenome Atlas 许可陷阱 | 免费仅限非商业；输出与 Atlas 数据「一般仅用于非商业研究」；禁止用于临床决策；禁止未经许可用于训练其他 ML 模型。 → 把 AVI 当特征喂给下游模型 = 违约。药企/商业项目改走 Google Cloud 商业通道并留痕；凡引用 AVI 的管线在文档标注来源与许可 |
| P0 | VCC 榜单不测泛化 | 复制公开 CRISPR 数据即可进前 10；首届 MAE 全线输给均值基线。 → 把名次当模型能力采购/立项会选错。等 11 月下旬终榜；自建「跨细胞系 + 跨供体」留出集做内部闸门 |
| P0 | 核酸 biomarker ≠ 临床终点 | pelacarsen III 期失败；del-desiran、apazunersen 已失败在前。 → 用沉默效率/递送效率做 go/no-go 会系统性高估。立项阶段就把表型终点写进假设 |
| P1 | Anthropic Big mode 能力声明不成立 | 7 次 31,000–70,320 残基的能力运行全部「跑完但没产出准确结构」；repo 显式 unmaintained；文档基于 H100 80GB / Linux x86-64；无独立复现。 → 先跑 Exact 做 stock-vs-optimized 配对对照；Fast 需端点级非劣检验；Big 仅在显存不可行时使用；pin commit + 保留回滚 |
| P1 | TorchFold 70.1% 为厂商自评 | FoldBench 原文给出 Ab-Ag 失败率 >50% 的行业背景。 → 自建 Ab-Ag holdout（时间切分 + 抗原非冗余），与 AF3 / Protenix v2 / Boltz-2 / Atlas 同协议跑；许可 MIT 可商用，但需确认 GPU 版是否同样 MIT |
| P1 | benchmark 泄漏污染选型 | 51 个常用基准普遍泄漏，DTI 平均最近邻相似度 0.779。 → 把 BenchAudit 加进选型流程第一步；caiPro 的 7,295 阳 / 1,120 阴必须做转录本层级 + 相似度感知划分 |
| P2 | 预印本风险 | Atlas / siProGenA / HCAbLM / Proteina-Complexa 均未同行评审。 → 追踪正式版；siProGenA 已连续三轮无代码，按方法论参考使用 |
| P2 | AVI 单分数压缩 | de Boer：AVI「很容易被误读」；1 Mb 窗口看不到远端调控元件。 → 用其可分解性看驱动通路（剪接/表达/蛋白改变），不单看总分 |
| # | 动作 | 工具 / 依据 |
|---|---|---|
| 1 | 给现有打分管线做一次泄漏审计 | BenchAudit（Chem. Sci. 2026）→ 出一份「训练/测试相似度 + 标签冲突」报告，据此重切 caiPro 数据 |
| 2 | 候选集构造从「排序」改成「提议 + 生成」 | siProGenA 两阶段（D3PM 位置提议 → BFN guide 生成）+ 多样性感知 reranker；对照基线 8 个：OligoFormer / siRNABERT / siRNADiscovery / DSIR / siRNAPred / OligoWalk / s-BioPredsi / Monopoli-RF |
| 3 | 补累积脱靶评分 | SIREN（PyPI siren-rnai）→ dsRNA/多 siRNA 累积脱靶项进入结果表 |
| 4 | 结构预测栈换推理后端 | Anthropic 36 套件 Exact 模式（Apache-2.0，1.6×，输出不变）→ 同预算采样数翻倍；必须先跑 stock-vs-optimized 配对验证 |
| 5 | Ab-Ag 预测器横向评测 | TorchFold（MIT，70.1%）vs AF3 vs Protenix v2 vs Boltz-2 vs Atlas（MIT，46.96%）→ 自建 holdout 上的排序表 |
| 6 | 领域小模型 vs 前沿大模型对照 | Insilico L-LLM 结论（9B > Gemini 3.1-Pro）→ 论证「siRNA 专用小模型 + 私有数据」路线 |
| 7 | 对齐国家规划口径 | 「十五五」医药工业规划三件套：垂类大模型 + 智能体 + 高质量数据集 → 项目书/立项材料按此重写 |