AIDD INTELLIGENCE · INCREMENTAL DIFF

AIDD 增量简报 · 2026-09-17

对 09-16 版的增量 diff · 20 轮中英双语检索 · 本轮主线：竞争单位从「模型分数」切换到「决策与临床产出」

1. 结论先行（10 条）

2. 上版 10 个未决问题 · 核查回执

#	问题	状态	本轮答案
1	ICH M15 实施日期	已解决	CHMP 2026-01 采纳，2026-07-23 生效；FDA 2026-06 发最终指南
2	Carbon / HoloCell / FlexRibbon 权重与代码	部分	Carbon Database 09-15 全球开源（确定）；MatOS 10 月中旬开源；三个模型权重/代码仍未见公开地址
3	书生-S2 第三方复现	部分	正式版 Intern-S2-397B 已上线 HF；仍无第三方独立复现，56.92→60.32 为官方自评
4	AISB 论文/评测细表	部分	Nature 明确「未同行评审、模型不公开」，计划投稿；AGI Hunt 另给 pose 口径 29%→47%（与 PL-lDDT 35.6%→52.1% 是两个指标）
5	OpenBind 下一批释放量	已解决	预印本 DOI 10.64898/2026.08.27.747600：首批 925 结合事件 / 699 化合物 / 601 个 KD；OB0 带 717 配体结合结构，将进 Apheris 的 ApherisFold
6	siProGenA 仓库	未变	仍无代码，CC-BY-NC-ND 4.0（已连续 4 轮）
7	VenusFold 独立复现	未变	仍只有厂商自评（lDDT-PLI 0.80 / 成功率 69.78%）
8	Chronos 是否放开协议	未变	协议 + RNA 基础模型 + 免疫细胞研究三项仍闭源
9	元因·百靶 / 创新联合体名单	未查到	—
10	del-desiran 完整数据	部分	III 期 DM1 未达主要终点，次要终点显示临床活性信号

回执小结：已解决 2 / 部分 4 / 未变 3 / 仍未查到 1。上版「模型是否公开」这一类问题，本轮回执高度一致 —— 答案基本都是「不公开」或「只公开数据不公开模型」，这本身就是主线（数据所有权）的延续证据。

3. 本轮新增硬事实

3.1 批评线：评价口径正在换轨

NRDD Perspective（2026-08）核心论点（多源转述一致）：

• model validation ≠ process validation。前者问「模型预测准不准」，后者问「把它接进研发流程后，是否减少失败、选出更好候选、提高临床成功率」。
• Ligand ≠ Drug。结合 ≠ 吸收、分布、代谢、毒性、可生产、临床疗效。
• 随机切分导致数据泄漏：近缘分子同时落在 train/test，模型只是认出了熟悉骨架。ChEMBL/PubChem 混合了不同实验室、协议、化学语境，高分无法消解这些差异。
• activity cliff：结构微小改变可致活性剧变，依赖广域相似性的模型会漏掉。
• 最扎心的一条：AI 研究集中在「有灯的地方」（数据多的早期环节）。若各阶段速度/成本/成功率都提升 20%，对「每个成功药物的资本化成本」贡献最大的是降低 Phase II 失败率 —— 而 Phase II 恰是 AI 覆盖最薄的地方。

产业侧呼应

• 大摩《跨越分子》：化学模型 = 加速器（商业化成熟度高），生物模型 = 价值上限（仍处临床验证阶段）。不足 24% 的 AI 药物发现公司把 AI 用于临床前的人体疾病生物学研究。
• 恒瑞 AIDD 负责人韩涟漪（09-15）：「AIDD 在行业内尚未形成全链条的体系」；靶点发现挑战最大；落地逻辑是「更低成本试错、更早止损、更有效创新」；用「三个 ware」框架（brainware / hardware / software）。一句话：别等所有零件齐了再拼装。
• 《中国食品药品监管》2026-06（赵宇等）：提出 FIC → FID（疾病领域治疗价值首创） 转型，直指「重化学模型、轻生物模型」的投入失衡。

3.2 核酸：最强正面 vs 最强负面（同一周）

事件	日期	数据	判读
Bepirovirsen（GSK/Ionis）日本获批	08-24	全球首个慢乙肝功能性治愈药物；用于经 ≥6 个月 NAs 治疗且符合病毒标志物标准的成人 CHB	ASO 首次在「功能性治愈」终点获批；FDA 10-26 前出结果
ARO-DIMER-PA（Arrowhead）Ph1/2a 中期	09-15	单分子同时沉默 PCSK9（−72%）与 APOC3（−88%）；LDL-C −54%、TG −73%、non-HDL-C −61%、ApoB −50%；单剂爬坡至 400 mg 完成；TEAE 为注射部位反应与头痛，无药物相关 SAE	全球首个双靶点单分子 RNAi 临床验证；TRiM 平台能力确认
REDEMPLO（plozasiran）	—	已在美国/欧盟/加拿大/澳洲/中国获批 FCS	国产可及
del-desiran（诺华 AOC）III 期 DM1	09-08/09	未达 vHOT 主要终点，次要终点有活性信号	全球首个 III 期折戟的 AOC 管线（诺华 120 亿购 Avidity）
apazunersen（Ultragenyx）III 期 Angelman	09-03	未达主要终点，该人群仍无获批疗法	ASO 在中枢的第二次高位失败
BioXcel 申请破产保护	08	唯一上市产品年销售额 64 万美元，股价 −70%	「AI 找到分子」≠ 商业闭环

3.3 RNA 设计登 Science 封面：端到端绕过 3D

3.4 数据侧：开放光谱继续分化

• OpenBind 首批正式预印本（DOI 10.64898/2026.08.27.747600）：EV-A71 2A 蛋白酶，925 晶体学结合事件 / 699 化合物 / 601 个 KD，已知最大的公开单靶点实验结构-亲和力数据集。结论三条：① 对接性能强烈依赖口袋构象；② pose 难排序；③ 结构驱动的亲和力预测仍然很难。在 fragment screen 结构上微调 OpenFold3-p2，对 follow-on 化合物的 pose 与虚拟筛选有明显提升。
• OpenBind-0（OB0）：公开数据基线，PDB cutoff 2021→2025 重训，带 717 配体结合结构。EV-A71 2A top-25 92%；Dengue/Zika NS5 RdRp 所有共折叠模型 <10%；FatA 28%（Protenix 39%）。判读（Apheris）：增量公开数据只在「让靶点变得像已有数据」时有用；对真正新颖的、柔性的靶点几乎无能为力。
• LIGAND-AI（新线索）：辉瑞 + SGC 等牵头，结构 + 亲和双信号，千级/亿级小分子-蛋白结合强度，数据开放给 AI 开发者。
• AISB：20,167 私有结构联邦微调 OpenFold3 Preview 2。1,056 留出：PL-lDDT≥0.8 35.6% → 52.1%（Boltz-2 40.9%）；pose 口径 29% → 47%。模型不公开、未同行评审、自留测试集。

路线	代表	数据	模型	你拿得到什么
存量私有 → 联邦	AISB	❌	❌	只有博客数字
增量公开 → 全公开	OpenBind / LIGAND-AI	✅	✅（OB0）	数据 + 模型 + 配方
数据公开 / 模型闭源	Therna Chronos	✅	❌	只有数据

3.5 编排层：从社区玩具到官方基建

产业编排：诺和诺德 × Anthropic（Claude Science 进核心研发流程）；礼来 TuneLab（20+ 年、50 万+ 临床前数据点，截至 2026-06 已超 100 家成员）× 金斯瑞 / Twist（补齐 Build+Test）。金斯瑞 2026H1 AIDD 收入超 4000 万美元，同比 +105%，预计下半年翻番。

3.6 国内

条目	要点
Anew Labs / 新生探途	字节 AI 制药拆分，09-16 完成 2.9 亿美元首轮，投后 15 亿美元，字节保留 56%。HSG（原红杉中国）、IDG、高瓴领投，五源联合领投，中国生物制药 + 上海未来产业基金战略参投。负责人刘凯，核心约 50 人，2021 年组建。上海/旧金山/新加坡三地。全球首个「全谱」IL-17 小分子抑制剂（AA/AF/FF 全面阻断），临床前。
书生-S2	09-13 浦江论坛发布，正式版 Intern-S2-397B 已开源上线 HF。可插拔 Memory Decoder：接入生物记忆后 Biology-Instructions 56.92 → 60.32，通用能力不损。IMO-Proof / AdvancedMathBench 追平 Gemini 3.1 Pro。与昇腾 Atlas 900 A3 系统级协同。预告 NCP-ArchPreview（万亿 token 隐空间 LM，1.95× 收敛加速）。书生·端砚升级，接入上海同步辐射光源、中国散裂中子源、原子制造大装置、电合成新技术研究所。
中关村两院八项成果（09-13）	Carbon：3B 对标 Evo2 7B，推理 +275×；Carbon Database 09-15 全球开源（16 万亿碱基注释，规模与物种多样性 +10×）。HoloCell：业界首个单细胞三组学基座，6 亿细胞，以基因为锚点统一编码染色质调控元件/RNA/蛋白，6 项核心任务优于 8 类专用模型；联合清华/北大/中科院等 13 家单位搭虚拟细胞系统。FlexRibbon：柔性分子界面序列-结构联合设计，5 类模态/14 靶点/平均首轮成功率 34%/20+ 管线。商空间扩散模型：训练效率 +45%、30% 参数量超越现有方法、较 AF3 对齐方案分布误差 −70%+，已被字节 AI 制药采纳。MatOS：适配 48 款软件/104 条流程/386 种方法/3135 个数据集，10 月中旬开源。
DrugCLIP / 艾斐智药	清华 AIR 兰艳艳团队，Science 2026-01-08（bioRxiv 10.1101/2024.09.02.610777v3，代码 github.com/bowen-gao/DrugCLIP）。把虚拟筛选重定义为密集检索：单节点（128 核 + 8 GPU）日打分 10 万亿次，较对接快 10⁶–10⁷ 倍；24 小时内完成约 1 万个人类蛋白 × 2 万口袋 × 5 亿分子全景筛选；数据库全球免费开放。衍生公司艾斐智药（高博文，兰艳艳任首席科学家）：DrugCLIP（表征）+ PharmAgents（决策智能体）+ Evolution（进化）；公开基准湿实验成功率 >10%，部分项目提至 80%+，单轮可发现皮摩尔级活性分子。
政策	09-14 国新办：国家卫健委提出重视 AI、生物技术在卫生健康领域广泛应用；国家药监局 2026-03《关于「人工智能+药品监管」的实施意见》提七个智慧监管重点场景；09-01 施行新版 GCP 含「数据治理」专章；《药品试验数据保护实施办法》给创新药 6 年数据保护期；上海「十五五」战略性新兴产业规划明确 AI 赋能靶点挖掘/分子生成/药效模拟。
人才（岗位直接相关）	AIDD 跨学科人才缺口被点名为「产业渗透的真实瓶颈」。国内 AI4S 上半年融资：深势科技累计超 10 亿元；Galixir、智源生物、深源智药各获亿元级；天鹜科技 07 月 A++ 数亿元；英凌点科技三个月内累计近 5000 万美元；深玄科技 08 月天使轮做全原子生物基础模型。职位多数 2026 上半年挂出、到 9 月下旬仍未招到。

3.7 监管

• ICH M15（EMA/CHMP/ICH/496426/2024）：CHMP 2026-01 采纳，2026-07-23 生效；FDA 2026-06 发最终指南。六要素：question of interest / context of use / model influence / consequence of wrong decision / model risk / model impact。核心工具：MIDD evidence assessment table、Model Analysis Plan、Model Analysis Report。EMA 2026-05 启动 MIDD 科学建议试点。AI/ML 被明确列为 MIDD 方法之一。
• FDA/EMA 联合《人用药品和生物制品研发中 AI 良好实践指导原则》（2026-01）+《Good AI Practice in Drug Development》共同原则。
• FDA 领导层变动（09-09）：Karim Mikhail 任 CBER 主任，Michael Davis 任 CDER 主任 —— 两个中心一年多动荡后的定案。

4. 风险清单

级别	风险	后果	验证 / 处置
P0	「技术成功 ≠ 临床获益」在核酸领域被反复验证（del-desiran III 期失败、apazunersen III 期失败、BioXcel 破产）。递送/沉默/双靶点都已打满，失败全在下游	若建模目标仍锁在「沉默率」，交付物会在项目后期被判无效	把评估目标前移：建模「哪些靶点的沉默可转化为表型」；在内部 holdout 上加「表型关联」而非只加「敲低率」
P0	Anthropic 蛋白设计数字口径混乱：招商口径「15 靶点 14 个成功、单次命中率 22–35%」vs 上版「Top-1 49% / Top-5 44%」	引用错误数字会直接导致技术判断失真	两个数字并列标注、注明口径，不要挑好看的用；等正式论文
P1	scFM 综述：约 1% 预训练数据后即平台期；扰动预测/OOD 泛化不能稳定超过简单基线；评价体系可能高估模型能力	「更大单细胞模型」路线可能边际收益骤降	任何 scFM 结论前，先跑线性/均值基线对照；没有基线对照的分数不写进报告
P1	NRDD：随机切分导致数据泄漏；ChEMBL/PubChem 混合协议	公开基准高分在你的项目上会塌	采用 leakage-aware 划分（转录本层级 / 骨架层级），并显式声明划分策略
P1	AISB 结论不可审计：未同行评审、模型不公开、自留测试集	当「已证实的 SOTA」引用会误导选型	只作为「私有数据有价值的证据」引用，不作为模型能力证据
P1	国内开源「陆续开源」是软承诺：八项中只有 Carbon Database 确定开源、MatOS 有计划	排期依赖会落空	以「是否有 HF/GitHub 地址」为唯一判据，不采信「计划开源」
P2	VenusFold 仍只有厂商自评	采信后可能在自建 holdout 上显著低于宣称	自建 20–30 个近一年新结构的 holdout 再决定
P2	OpenFold3 v0.5.0 默认 ckpt 已切为 openbind-2025-06-30-174k，preview-2 进 LEGACY	未 pin 版本 = 模型静默更换	pipeline 中显式 pin checkpoint 名；核 aqlaboratory/openfold-3 v0.5.0 的 entry_points/parameters.py
P2	Paper2Agent 依赖 Claude Sonnet 4 构建，泛化性未验	对文档差的代码库可能生成跑不通的 MCP	先拿自己最熟的一个 pipeline 试，验证生成结果是否真能跑通

5. 生信岗位落地建议（对 caiPro 的具体改造）

6. 下轮 10 问（diff 基线）

1. VCC 2026 终测集（10-22）与结果（11 月下旬）
2. Bepirovirsen FDA 审批（10-26 前）
3. AISB 正式论文与第三方基准（PoseBusters / FoldBench / cross-dock）复现
4. OpenBind 下一批释放量 + OB0 在 ApherisFold 上的实测
5. LIGAND-AI 首批数据（辉瑞 + SGC）
6. siProGenA 代码仓库（已连续 4 轮未变，若仍无则降级为「方法论参考」）
7. VenusFold 独立复现或第三方 holdout
8. Carbon / FlexRibbon / HoloCell 权重是否真的放出（MatOS 10 月中旬）
9. Paper2Agent 对非策展代码库的泛化实测；是否有生信 pipeline 的 MCP 生态成型
10. 书生-S2 第三方复现 + NCP-ArchPreview 是否落地