| 时间 | 名称 | 关键事实 | 许可 / 入口 | 对生信岗位的意义 |
|---|---|---|---|---|
| 09-03 | AI BioDesign NEW | $94.6M / 5 年（Allen 46.1M、UW 43.8M、Fred Hutch 4.7M）；Baker + Shendure；全部模型·数据·assay·工具开源；目标含癌症/神经退行药物、降解塑料酶 | alleninstitute.org | 按季度跟踪 release；未来 2–3 年最可能改变开源供给格局的单一项目 |
| 09-10 | NVIDIA BioNeMo Inference Runtime NEW | Public beta；PyTorch-native；定制 kernel + CUDA Graphs + Ray 多卡扩展；优化 Boltz-2 / OpenFold2 / Protenix v2；生态 16 家（Apheris、Boltz team、UW IPD、Latent Labs、OpenFold、SandboxAQ、Terray、Xaira…） | 开源，PyTorch-native | 与 08-31 Agent Toolkit 组成双层；不改 pipeline 即可提速，落地成本最低一环 |
| 09-02 | MMAI Gym for Science（Insilico） | arXiv 2603.03517v2；Liquid Foundation Models；70+ 任务：ADMET 28、GPCR 44、kinase 67、retrosynthesis（Liquid AI 2.6B）；DDD Bench；NeurIPS25 / ICLR26 / ICML26 / EMNLP26 | 论文 + 训练框架 | "紧凑专用模型 vs 通用 LLM"的正面交锋样本；Insilico H1 2026 收入 1.06 亿美元 +287%、净利 >5100 万、9 个月 9 个 DC |
| 持续 | AdaptiveFlow（Nat Biotechnol） | 690 亿分子库，成本降至 1/1000，560 万 vCPU 线性扩展，PARP1 / FSP1 共晶验证；已开源，附教程 | 开源 | 超大规模虚拟筛选首次具备常规可行性 |
| 持续 | MCP / Skill 生态 | BioMCP：MIT、630★、24 工具、biomcp skill install；RDKit MCP：MIT，覆盖 RDKit 2025.3.1 全函数；plant-genomics-mcp：MIT、50 工具 / 23 后端；bio-research 插件：11 MCP + 5 skills | 多为 MIT | "MCP 供数据、Skill 供分析逻辑"已成为事实标准分层 |
| 时间 | 事件 | 要点 |
|---|---|---|
| 09-13 | 浦江创新论坛 · 未来医药分论坛 国内 | 创新药物国家实验室体系 AI 医药创新联合体启动（临港实验室牵头，跨科研机构 / 医院 / 企业）；陈凯先："AI 与生物医药融合正从工具迈向原生"；郑双佳："AI 制药迎来第四轮浪潮——推理大模型 + 科学智能体" |
| 09-13 | "元生"平台开放 + "元因·百靶"计划 国内 | 临港实验室；平台已覆盖文献情报、数据分析、靶标发现、分子设计、实验方案并完成若干闭环验证；百靶计划面向全国开放申请、公开择优，主攻干湿闭环转化体系 |
| 09-13 | 书生-S2 + 书生·端砚（上海 AI 实验室） NEW 国内 | S2：开源多模态，长程科研 + 智能体，Biology-Instructions / Mol-Instructions 上大幅领先其他开闭源旗舰，与昇腾生态深度协同；端砚升级：模型与 Science Harness 协同、全程可信科研证据链、连接真实验证闭环；接入上海同步辐射光源、中国散裂中子源、原子制造大装置、电合成新技术研究所 |
| — | ASOMAR（浙大良渚实验室沈宁团队） 核酸 | Med 封面论文；AI 智能体部署最优 ASO LM2556，转录水平靶向 LMNA，清除毒性 lamin A 异构体、恢复核膜形态；患者来源心肌细胞 + 心脏类器官 + 早衰症小鼠三层次验证，中位寿命 +82.86% |
| 09-14 | 东吴证券医药周报（产业量化） | Twist FY26 前三季 DNA 合成收入 1.61 亿美元 +31.4%，AI 相关订单 2500 万 → 5000 万 → 1 亿美元三连跳；金斯瑞 2025 生命科学 5.22 亿美元 +14.8%，蛋白表达订单 +160%（合作 Latent Labs、字节 Seed）；百奥赛图小鼠业务 +58%；晶泰 2026H1 +73.8% |
| 09-14 | 英伟达 AI4S 生态 | Anthropic 估值近万亿并部署 Claude Science；Chai Discovery 融资 4 亿美元；Lila Sciences 估值 85 亿美元；礼来—晶泰：2.5 亿（小分子）→ 3.45 亿（双抗）→ 采购自动化基建 |
| 项目 | 要点 | 可用性 |
|---|---|---|
| ASOMAR（ASO） | 罕见病个性化 ASO 的 AI 设计 → 体内验证完整闭环；小鼠中位寿命 +82.86% | Med 论文（S2666-6340(26)00196-0） |
| RNAExplorer NEW | bioRxiv 10.64898/2026.02.08.704350v2；RNA-FM embedding → 可解释生物特征；piRNA 的 GC 含量与 Tm 显著高于 miRNA / siRNA；把深度表征映射回可解释特征 | Web 免费：rnaexplorer.com |
| 数因智科（CBI2026） | OmicsApex 靶点发现 + MolOptima 分子设计；单次千万级核酸序列设计筛选；适应症 → 优选序列 3–6 个月；3 款 siRNA 管线已推进至 IND | 商业平台（不开源） |
| 主题 | 事实 | 严重度 |
|---|---|---|
| AF3 淀粉样蛋白边界测试 NEW | Sci Rep 10.1038/s41598-026-68041-4；153 条淀粉样序列 + 56 条阴性肽 + 7 个已知结构。7 个已知结构复现 5 个（尚可），但阳性组仅 34%、阴性组却有 54% 输出淀粉样样结构；模型还偏好输出球状寡聚体 | P0 |
| 评估证据阶梯 | 随机划分 → 泄漏受控划分 → 前瞻盲测（金标准） → 湿实验物理确认。2023 meta：数据泄漏可测量地影响 17 个领域 294 篇论文；生物序列随机切分"已被证明会产生可疑的泛化评估" | P0 |
| ADMET 基线换代 NEW | Pat Walters（08-29）：TDC / MoleculeNet "有缺陷"，2026 年仍用不可接受；基线四件套 = Morgan FP+LightGBM / ChemProp ST / ChemProp MT / ChemProp + CheMeleon；数据集换为 OpenADMET ExpansionRx（高度同系，拟合 hit-to-lead）+ Biogen（商业筛选库，拟合早期发现）；用 agent 跑完 benchmark 未 clone 一个 repo，会话编排用 herdr | P1 |
| 生成 vs 验证剪刀差 | GNoME 38 万最稳定候选 → 全球实际合成 736（≈0.2%）；A-Lab"58 靶 41 成功"被 Palgrave（UCL）/ Schoop（Princeton）重分析质疑为"很可能没有任何新发现"（XRD 误读组分无序） | P1 |
| AlphaFold 通用局限 | 手性违反率可测量、多链原子重叠；训练 cutoff 之后发表的测试集上精度下降（记忆签名）；pLDDT 与实测结合亲和力弱相关；只给单构象 | P1 |
| 上版待查 | 状态 | 本轮结论 |
|---|---|---|
| VCC 2026 榜单 / 终测 | 未变 | 终测集 10-22 才发布，11-05 截止，11 月中下旬出结果；规则已确认（6 细胞系、3+3 划分、300 扰动 × 400 细胞、Cell-Eval 六指标聚合） |
| VenusFold 独立复现与许可 | 未变 | 检索仍只见厂商自评（FoldBench lDDT-PLI 0.80 / 成功率 69.78%）；技术报告确认依赖 Min-SNR（γ=5）+ Muon。P1：自建 holdout 前不采信 |
| siProGenA 代码 | 未变 | 仍无仓库；预印本 CC-BY-NC-ND 4.0（禁止商用再分发）。方法细节已完整可读，可自行复现两阶段框架 |
| RFOptimization 许可 | 未查到 | 本轮无新增信息，下轮继续 |
| Mol-JEPA 正式论文 | 未查到 | 本轮无新增，下轮继续 |
| OpenADMET PXR 结构赛道 Part 2 | 进展 | UF 官方稿（09-09）确认：350+ 提交，UF 以仅公开数据获总榜第二、公开数据组第一，与冠军统计不可区分；其方法是 agentic AI + 人类专家全程把关 |
| Beacon 是否开源 | 未变 | Inductive Bio 的 Beacon 仍为闭源（三连冠，ARPA-H 最高 2100 万美元） |
| 艾普司韦真实世界数据 / ICH M15 实施日期 | 未查到 | 本轮无新增 |
| Redemplo FDA 审批 | 未查到 | 本轮无新增 |
| Nesso-1 / OpenFold3 / Protenix v3 新版本 | 部分进展 | 无新版本；但 Protenix v2 已进 NVIDIA Inference Runtime 优化名单，OpenFold2 同批。v3 仍未发布 |
| # | 动作 | 具体做法 | 预期收益 |
|---|---|---|---|
| 1 | 换掉 TDC 基线 | 新项目一律以 OpenADMET ExpansionRx + Biogen 为评估集；基线四件套跑满（Morgan+LightGBM / ChemProp ST / MT / +CheMeleon） | 避免被"数据集有缺陷"一击致命 |
| 2 | 上推理运行时 | Boltz-2 / OpenFold2 / Protenix v2 场景接入 BioNeMo Inference Runtime（PyTorch-native，不需改 pipeline，不需 nvcc） | 同等 GPU 下吞吐提升，绕开自写 kernel |
| 3 | Skill / MCP 接入 | 优先 biomcp（生物医学检索，MIT）、rdkit-mcp-server（化学信息全函数）；biomcp skill install 一键装 | 检索 / 计算交给 agent，自己守判断 |
| 4 | 结构预测降级为"假设" | 借鉴淀粉样案例：共折叠输出不得用作分类 / 判定；必须加独立正交证据（突变、交联、已知活性位点） | 避免静默假阳性 |
| 5 | siRNA 补两件事 | ① 引入 RNAExplorer 的 RNA-FM 可解释特征做特征工程补充；② 候选位点上多样性感知 reranker 替代纯分数排序（对齐 siProGenA 的 candidate-construction gap） | 直接对应 caiPro 当前能力缺口 |
| 6 | 跟踪两个 release 节奏 | AI BioDesign（Allen / UW / Fred Hutch）与书生·端砚（上海 AI 实验室，已开放全栈） | 抢先拿到新开源资产 |
| 级别 | 风险 | 后果 | 验证 / 修复 |
|---|---|---|---|
| P0 | 把共折叠结构当分类判据 | 静默假阳性（AF3 淀粉样阴性组 54%） | 必须补正交实验证据；置信度不作为判定依据 |
| P0 | 生物序列随机切分导致虚高 | 模型上线后失效；论文结论不可复现 | 改用 scaffold / 时间 / 同源聚类划分；优先前瞻盲测数据 |
| P1 | 继续用 TDC / MoleculeNet 做 ADMET 报告 | 被质疑方法学过时 | 迁移到 OpenADMET ExpansionRx / Biogen |
| P1 | 生成能力远超验证能力 | "生成越多、失败越多"（丁胜，09-13）；资源空转 | 设定验证通量上限，AI 输出必须与湿实验配速 |
| P1 | 训练 cutoff 后精度衰减（记忆签名） | 对真正新靶点 / 新化学空间失效 | 用 cutoff 之后的数据建独立 holdout |
| P2 | 厂商自评指标（如 VenusFold 的 FoldBench 成绩） | 可能不可复现 | 自建 holdout 复现后再采信 |
| P2 | MCP / Skill 生态许可混杂 | 部分标 MIT 但依赖付费组件（BindCraft → PyRosetta 前例） | 引入前核查依赖树与许可 |